Khi mới thành lập do chỉ thực hiện chức năng kinh doanh và XNK cho nên cơ cấu bộ máy của Công ty còn đơn giản chỉ bao gồm 4 phòng là: phòng tổ chức hành chính, phòng kế toán, phòng kinh doanh, phòng xuất nhập khẩu nhưng về sau do sự phát triển của Công ty mà thực chất là việc mở ngành nghề kinh doanh (thực hiện xuất khẩu lao động đi nước ngoài làm việc) nên Công ty có thêm một phòng mới đó là phòng xuất khẩu lao động. Từ năm 2006, do hoạt động theo mô hình Công ty cổ phần xuất nhập khẩu Viglacera, để tổ chức hoạt động của Công ty gọn nhẹ, hiệu quả, giảm bớt các khâu trung gian, các đầu mối, nâng cao tính chủ động sáng tạo của các mảng kinh doanh, Công ty đã thay đổi theo mô hình quản lí mới bằng cách thành lập các trung tâm kinh doanh, các phòng gián tiếp chỉ giữ lại hai phòng chuyên môn là: phòng kinh tế và phòng tổ chức hành chính.
Sau đây là sơ đồ tổ chức bộ máy quản lí của Công ty cổ phần xuất nhập khẩu Viglacera :
Sơ đồ 2.1: Cơ cấu bộ máy quản lý của Công ty.
Quan hệ công tác: Quan hệ chỉ đạo:
BAN ĐIỀU HÀNH: Bao gồm Hội đồng quản trị của Công ty, Giám đốc công ty và
các Phó giám đốc có nhiệm vụ điều hành mọi hoạt động của Công ty thông qua các phòng ban nghiệp vụ.
Giám đốc công ty là đại diện pháp nhân của Công ty và chịu trách nhiệm trước pháp luật về mọi hoạt động sản xuất kinh doanh của Công ty theo Điều lệ tổ chức và hoạt động của Công ty. Giám đốc có quyền điều hành cao nhất trong Công ty;
Phó giám đốc công ty là người giúp Giám đốc công ty điều hành một hoặc một số lĩnh vực hoạt động kinh doanh theo sự phân công của Giám đốc công ty, chịu trách nhiệm trước giám đốc công ty và pháp luật về nhiệm vụ được giao.
Ngoài BAN GIÁM ĐỐC, bộ máy giúp việc của Công ty bao gồm các phòng ban nghiệp vụ:
Phòng tổ chức hành chính: Có chức năng tham mưu cho lãnh đạo Công ty thực hiện quản lý các lĩnh vực công tác: tổ chức, hành chính, lao động, tiền lương, đào tạo, bảo vệ, an ninh quốc phòng và thực hiện các chế độ chính sách đối với người lao động của Công ty.
Phòng kinh tế: Có chức năng tham mưu cho Giám đốc công ty tổ chức thực hiện pháp lệnh kế toán thống kê và điều lệ tổ chức kế toán của Nhà nước tại Công ty, tổ chức quản lý chặt chẽ và sử dụng có hiệu quả các nguồn vốn và tài sản của Công ty.
Trung tâm kinh doanh: Có chức năng tham mưu cho Giám đốc Công ty về công tác kinh doanh, tổ chức quản lý thị trường và hệ thống các phương án tiêu thụ sản phẩm, làm cho kinh doanh của Công ty hoà nhập, đáp ứng nhu cầu thị trường và đạt hiệu quả ngày càng cao.
Trung tâm xuất nhập khẩu: Có chức năng tham mưu cho Giám đốc về công tác XNK, tìm kiếm và khai thác thị trường các nước trên thế giới để mở rộng hoạt động kinh doanh XNK của Công ty.
Trung tâm xuất khẩu lao động: Có chức năng tham mưu cho Giám đốc công ty và tổ chức thực hiện các công việc liên quan đến xuất khẩu lao động, đẩy mạnh hoạt động xuất khẩu lao động, tìm kiếm đối tác và nguồn lao động trong nước.
Chi nhánh thành phố Hồ Chí Minh: Có chức năng đại diện cho Công ty cổ phần xuất nhập khẩu Viglacera tại thành phố Hồ Chí Minh thực hiện mọi hoạt động kinh doanh tiêu thụ sản phẩm Viglacera trong phạm vi khu vực các tỉnh phía Nam.