Cơ cấu tổ chức bộ máy của công ty được cụ thể hoá bởi sơ đồ sau:
Sơ đồ 4: Cơ cấu tổ chức bộ máy Công ty Xăng Dầu Quân Đội
Ban Giám Đốc gồm 4 người: Giám Đốc, Phó Giám Đốc chính trị, Phó Giám Đốc kinh doanh và Phó Giám Đốc kỹ thuật, có nhiệm vụ ban hành các quyết định và điều hành chung mọi hoạt động kinh doanh, sản xuất của công ty, chịu trách nhiệm trước Bộ Quốc Phòng về mọi hoạt động của công ty. Trực tiếp phụ trách việc kinh doanh, tổ chức cán bộ, quyết định phân phối thu nhập, mức đầu tư, quy mô đầu tư.
*Phòng kế hoạch tổng hợp
Là cơ quan tham mưu xác định phương hướng, mục tiêu, kế hoạch của công ty về các lĩnh vực chiến lược sản phẩm, nguồn hàng, thị trường, sản xuất kinh doanh, bố trí nhân lực, chế độ chính sách cho người lao động ...
*Phòng kinh doanh xuất nhập khẩu
Tham mưu giúp ban giám đốc xác định phương hướng mục tiêu kinh doanh, tìm đối tác trong lĩnh vực xuất nhập khẩu tiêu thụ và vận tải xăng dầu, khí tài xăng dầu, mở rộng mạng lưới bán lẻ xăng dầu. Nắm bắt giá cả và các sắc thuế do nhà nước quy định, tham mưu giá mua, giá bán, giá nhập khẩu...
*Phòng tài chính kế toán
Tham mưu về công tác kế toán tài chính, kiểm tra hoạt động sản xuất kinh doanh thông qua công cụ tiền tệ, xây dựng, kiểm tra giám sát tình hình thực hiện kế hoạch tài chính, xử lý hệ thống số liệu kế toán về tình hình luân chuyển, sử dụng vốn, tài sản của công ty, lập bảng cân đối kế toán ,hạch toán và trả lương.
*Phòng kỹ thuật
Tham mưu về công tác nghiên cứu mẫu chế thử sản phẩm mới, quản lýkhoa học kỹ thuật, máy móc thiết bị, công nghệ sản xuất. Xây dựng tiêu chuẩn kỹ thuật vật tư nguyên liệu, thành phẩm, bán thành phẩm, xây dựng các định mức kỹ thuật trong sản xuất. Hướng dẫn các nghiệp vụ kỹ thuật cho các đơn vị thành viên...
Quản lý hồ sơ đảng viên, tổ chức hoạt động chính trị, giáo dục tư tưởng đạo đức cách mạng cho nhân viên toàn công ty. Phổ biến chỉ thị, nghị quyết của Đảng, Nhà Nước và Quân Đội ...
*Phòng hành chính
Tổ chức công tác đối nội, đối ngoại, mua sắm các trang thiết bị, văn phòng phẩm. Tổ chức công tác dịch vụ văn phòng, chuẩn bị các cuộc họp, những chuyến công tác. Quản lý nhà khách hội trường, phục vụ ăn uống giữa ca, tổ chức khám sức khoẻ, quan tâm đến đời sống cán bộ công nhân viên.
*Xí nghiệp cơ khí 651
Nhiệm vụ chính của xí nghiệp là sản xuất, sửa chữa lắp đặt các công việc về cơ khí cũng như chuyên ngành xăng dầu.
*Xí nghiệp xây dựng công trình 652
Chịu trách nhiệm xây dựng các công trình chuyên ngành xăng dầu, hoàn thành tất cả các công trình xăng dầu trong quân đội .
*Xí nghiệp xăng dầu 653
Nhiệm vụ của xí nghiệp là đảm bảo xăng dầu cho quân đội, kinh doanh xăng dầu và khí tài xăng dầu; vận tải cho quốc phòng và kinh tế, kinh doanh bán lẻ xăng dầu, mỡ các loại và các sản phẩm khí tài xăng dầu.