- Thị trường Nhật Bản có tính bảo hộ cao, đặc biệt là đối với các mặt hàng nông sản. Do đó khi xuất khẩu nông sản sang thị trường Nhật Bản thường gặp rất nhiều trở ngại như hạn ngạch thuế quan, các rào cản về môi trường, an toàn vệ sinh thực phẩm… Các đảng phái chính trị của Nhật Bản cũng đều có xu hướng bảo hộ người nông dân. Vì vậy các chính sách của Nhật Bản đều đi theo xu hướng này. Hiện nay, Nhật Bản vẫn duy trì mức trợ cấp cao đặc biệt là đối với mặt hàng nông sản. Mức trợ cấp nông sản của Nhật Bản là 1,4% so với GDP.
- Do suy thoái kinh tế kéo dài trong thời gian qua ảnh hưởng tới mức chi tiêu và tâm lý tiêu dùng của người dân Nhật Bản, nhu cầu đối với các mặt hàng đang thu hẹp, đặc biệt là những mặt hang có chất lượng cao do chi phí cao trong khi suy thoái kinh tế dẫn đến mức thu nhập giảm xuống.
- Các thủ tục nhập khẩu của Nhật Bản rất rườm rà và làm tăng chi phí trong quá trình xuất khẩu của các doanh nghiệp. Ngoài mục đích quản lý ra thì các thủ tục nhập khẩu của Nhật Bản còn có tác dụng bảo hộ sản xuất trong nước. Do đó các doanh nghiệp cần phải tìm hiểu kỹ về các thủ tục nhập khẩu của Nhật Bản, hoặc là xuất khẩu qua các nhà nhập khẩu của Nhật Bản bởi họ là những người nắm rõ về các yêu cầu này.
- Các yêu cầu về vệ sinh thực phẩm của Nhật tương đối cao, có thể nói là khắt khe hơn rất nhiều so với các thị trường khác đối với hàng nông sản. Nếu như hàng nhập khẩu không đáp ứng được các tiêu chuẩn về dư lượng kháng sinh, nồng độ các chất độc hại thì cả lô hàng có thể bị trả lại và Nhật Bản sẽ tiến hàng kiểm tra gắt gao với mặt hàng này. Do đó, cần phải đáp ứng tốt các tiêu chuẩn này thì mới có thể xâm nhập thị trường Nhật Bản.
- Cơ cấu các mặt hàng nhập khẩu của Nhật Bản thường không giống như những sản phẩm mà Việt Nam xuất khẩu. Như một số chủng loại cao su và phần lớn các loại rau quả mà Nhật Bản nhập khẩu nhiều thì Việt Nam không có hoặc có rât ít. Chính vì sự khác biệt này nên hàng nông sản Việt Nam rất khó xâm nhập thị trường này do chỉ đáp ứng nhu cầu của một số lưọng nhỏ khách hàng. Ngoài ra, đối với thị trường sản phẩm thô, giá những sản phẩm thô cùng loại của các nước khác như Ấn Độ, Indonesia thường rẻ hơn hàng hoá Việt Nam rất nhiều, do đó tính cạnh tranh của những mặt hàng này của