Bên cạnh những thuận lợi để đạt được những thành quả trên, công tác quản trị nhân lực của Xí nghiệp Xe Điện Hà Nội cũng gặp nhiều khó khăn, vướng mắc. Đây cũng là một trong nhiều nguyên nhân của những tồn tại, khiến cho công tác quản trị nhân lực của Đơn vị chưa phát huy được đúng vai trò của mình.
Thứ nhất, là một Đơn vị hạch toán phụ thuộc của Tổng Công ty Vận Tải Hà Nội nên hoạt động quản trị nguồn nhân lực của Đơn vị phải chịu sự quản lý của Tổng Công ty. Các nội dung chủ yếu của quản trị nhân lực từ lập kế hoạch nhân lực, kế hoạch lao động, kế hoạch tuyển dụng, kế hoạch đào tạo,…đều phải
thực hiện theo hướng dẫn của Tổng Công ty Vận Tải Hà Nội và phải được Tổng Công ty phê duyệt mới được thực hiện.
Những quy định này nặng về thủ tục hành chính, và mất quá nhiều thời gian. Thực trạng này làm cho Đơn vị và các Đơn vị trực thuộc bị thụ động trong các hoạt động quản trị nhân lực, mất thời gian chờ đợi đề xuất được phê duyệt, dẫn đến việc không thể đáp ứng ngay yêu cầu của Đơn vị, nhiều khi còn làm mất đi cơ hội kinh doanh.
Thứ hai, là một doanh nghiệp Nhà nước, công tác quản trị nhân lực của Đơn vị vẫn mang tính "ỳ", thích ứng chậm với những thay đổi của quản trị nhân lực trong thời kì cạnh tranh và hội nhập.
Thứ ba, do cơ chế bao cấp về mặt tài chính, khoản chi phí cho quản trị nhân lực như tuyển dụng, đào tạo... đều do Tổng Công ty Vận Tải Hà Nội phê duyệt, nếu có điều chỉnh thì chỉ điều chỉnh không đáng kể. Chính vì thế, công tác đánh giá hiệu quả của tuyển dụng, đào tạo, thực hiện các chính sách đãi ngộ chưa được Đơn vị chú trọng đúng mức. Đây chính là một nguyên nhân khiến cho công tác quản trị nhân lực của Đơn vị còn kém hiệu quả.
Thứ tư, trình độ chuyên môn nghiệp vụ của một bộ phận không nhỏ Cán bộ công nhân viên ở Xí nghiệp chưa đáp ứng được yêu cầu của sản xuất kinh doanh trong cơ chế thị trường, cụ thể:
- Chất lượng kinh doanh, tinh thần, thái độ phục vụ khách hàng chưa cao, tư tưởng bao cấp, độc quyền trong kinh doanh vẫn tồn tại khá phổ biến khi giao tiếp với khách hàng.
- Trình độ, năng lực chuyên môn của cán bộ quản lý và trực tiếp sản xuất kinh doanh còn nhiều bất cập; sự hiểu biết về kinh tế thị trường còn hạn chế, thiếu kỹ năng phân tích đánh giá tình hình kinh tế thị trường và môi trường kinh doanh.
Tất cả những điều này khiến cho công tác quản trị nhân lực của Đơn vị gặp nhiều khó khăn trong bố trí sắp xếp lao động, tạo nguồn cán bộ và đặc biệt là trong hoạt động đào tạo: không những tốn kém chi phí đào tạo mà còn phải thực hiện đào tạo như thế nào để đạt hiệu quả cao.
Thứ năm, hệ thống thông tin quản lý nhân sự chưa được quan tâm đầu tư đúng mức, và do đó ảnh hưởng tới tốc độ cập nhật, xử lý thông tin về nhân sự của Đơn vị. Việc quản lý số liệu, thống kê số lượng nhân sự và những vấn đề liên quan tới nguồn nhân lực đều được ghi chép thủ công, rất mất thời gian mỗi khi cần tìm số liệu thống kê.
Thứ sáu, chưa tiến hành phân tích công việc. Trong khi ở các nước công nghiệp phát triển trên thế giới, việc sử dụng bản mô tả công việc và tiêu chuẩn công việc đã trở thành hoạt động thường xuyên, quen thuộc, thì việc phân tích công việc vẫn chưa được phổ biến ở Việt Nam, đặc biệt là trong các cơ quan và doanh nghiệp Nhà nước vì họ coi đây là công việc rườm rà, phức tạp, tốn kém thời gian và tiền bạc.
Giống như những doanh nghiệp Nhà nước khác, Xí nghiệp Xe điện Hà Nội chưa tiến hành phân tích công việc. Các hoạt động như hoạch định, tuyển dụng, đánh giá thực hiện công việc chỉ dựa trên kinh nghiệm của cấp quản trị trực tiếp, chưa căn cứ vào tài liệu phân tích công việc. Việc bố trí công việc chủ yếu dựa vào chức danh nghề nghiệp theo hệ thống tiêu chuẩn chức danh do Tổng Công ty Vận Tải Hà Nội ban hành nên có những chức danh mới không có trong quy định sẽ không xác định được nhiệm vụ của công việc cũng như là kỹ năng cần có của người lao động để hoàn thành công việc, từ đó gây khó khăn trong việc thực hiện các chức năng quản trị nguồn nhân lực khác.