Thứ nhất: việc tổ chức thi hành pháp luật khiếu nại mặc dù đã triển khai,
quán triệt đến các cán bộ, công chức làm công tác giải quyết khiếu nại song vẫn còn một bộ phận không nhỏ cán bộ, công chức chưa nhận thức đầy đủ, chưa thấy
hết được trách nhiệm của mình trong công tác giải quyết khiếu nại, còn có tư tưởng coi nhẹ việc giải quyết khiếu nại
Công tác tuyên truyền, phổ biến pháp luật về khiếu nại đã được thực hiện, triển khai thường xuyên song nhìn chung còn mang tính hình thức, nội dung, phương pháp tuyên truyền chưa phong phú, chất lượng và hiệu quả mang lại chưa cao.
Thứ hai: các quy định về thẩm quyền, trình tự, thủ tục giải quyết khiếu nại
còn bị vi phạm.
Những vi phạm về thẩm quyền giải quyết khiếu nại được thể hiện: xác định sai hoặc nhầm lẫn giữa thẩm quyền giải quyết khiếu nại với thẩm quyền giải quyết khiếu nại; xác định không đúng thẩm quyền giải quyết khiếu nại cuối cùng. Việc này làm cho các đơn thư khiếu nại tồn đọng, vòng vo chuyển qua nhiều cơ quan rồi lại quay về UBND Quận để giải quyết lại.
Việc tổ chức đối thoại với công dân trước khi ban hành quyết định giải quyết khiếu nại còn mang nặng tính hình thức, hiệu quả chưa cao. Quá trình giải quyết khiếu nại còn thiếu công khai, dân chủ, chưa khách quan. Một số vụ việc thẩm tra, xác minh còn thiếu trung thực, chứng cứ không chuẩn xác, không đầy đủ và chưa đủ sức thuyết phục
Thứ ba: các vụ việc khiếu nại ngày càng có xu hướng phức tạp, rắc rối, liên
quan đến nhiều lĩnh vực rất khó khăn trong công tác xác minh tính xác thực để giải quyết. Đặc biệt là các khiếu nại về lĩnh vực đất đai liên quan đến các giấy tờ, văn bản có từ lâu đời mà các văn bản đó hiện lưu trong cơ quan rất ít vì vậy rất khó khăn trong việc tìm kiếm các chứng cứ của vụ việc.