Hiện nay ngân hàng nông nghiệp và phát triển nông thôn thành phố HN có chi nhánh trên 7 quận của thành phố Hà Nội và một ngân hàng khu vực Dới chi nhánh quận có quỹ tiết kiệm (hiện có 20 quỹ ). Tại trụ sở chính tính đến ngày 31/12/10 có 297 cán bộ gồm một giám đốc và hai phó giám đốc và gồm các phòng ban sau:
Sơ đồ tổ chức bộ máy quản lý tại NHNo & PTNT Hà Nội
(Nguồn http://www.agribankhanoi.com.vn/)
Cơ cấu tổ chức của NHNo&PTNT Hà Nội bao gồm có một Giám đốc, giúp việc cho Giám đốc là hai phó Giám đốc. Ngân hàng No&PTNT Hà Nội có 8 phòng ban để thực hiện chức năng chuyên môn của mình đó là các Phòng: Phòng kế hoạch tổng hợp, Phòng hành chính & nhân sự , Phòng Tín Dụng, Phòng KD ngoại hối, Phòng Kế toán & Ngân quỹ, Phòng Kiểm soát Nội Bộ, Phòng Điện Toán và Phòng DV & Markerting. Các Phòng ban này thực hiện chức năng chuyên môn của mình lấy ví dụ nh Phòng kế hoạch có chức năng nghiên cứu đề xuất chiến lợc khách hàng, chiến lợc huy động vốn trên địa bàn Hà Nội, tổng hợp theo dõi các chỉ tiêu kế hoặch kinh doanh và quyết toán kế hoặch đến các chi nhánh NHNo&PTNT trên địa bàn...vv. Phòng thanh toán quốc tế thực hiện các chức năng nh: thanh toán quốc tế qua mạng SWIFT, thanh
toán nhờ thu, chuyển tiền với nớc ngoài, thanh toán biên mậu. Những Phòng ban trên hoạt động và chịu trách nhiệm trực tiếp trớc Giám đốc và Phó giám đốc theo lĩnh vực phân công quản lý. Bên cạnh đó NHNo& PTNT Hà Nội còn có Hội đồng tín dụng với nhiệm vụ xem xét việc giải trình của các thành viên, kiểm soát trớc về mặt pháp lý của dự án và tham gia ý kiến để giám đốc ra quyết định. Thành phần của Hội đồng tín dụng này bao gồm: Giám đốc chi nhánh làm chủ tịch hội đồng tín dụng, Phó giám đốc phụ trách tín dụng, trởng phòng tín dụng trực tiếp thẩm định dự án, trởng phòng kế toán, trởng phòng ngân quỹ, trởng phòng kế hoạch, cán bộ trực tiếp công tác phòng ngừa rủi ro.