Thời gian thực hiện các gói thầu trễ khiến các gói thầu khác tuy đã xong nhưng cũng phải chờ và trong giai đoạn chờ đó, sự lãng phí được bộc lộ.
Tháng 7/2003, khi máy móc đã nhập về, chuyên gia nước ngoài đã sang nhưng thi hàng công việc lại không được vì gói thầu máy mài lô số 7A chưa xong, chậm tiến độ, dẫn tới tình trạng lãng phí..
Hơn nữa, việc các gói thầu bị tăng lên so với dự tính cũng làm thiệt hại lớn. trong dự toán, công ty chỉ tính toán phần xây dựng cơ bản hệ thống xử lý nước thải có 5 tỷ đồng, nhưng thực tế tăng lên đến 16 tỷ đồng. Sau đó, vì chưa được phê duyệt dự toán công trình nên gói thầu xử lý nước thải bị tạm dừng 4 tháng, hệ quả là gói thầu số 5 về xử lý chất thải đã phải mất tới hơn 1 năm để hoàn thành, gây lãng phí lớn. Và tiếp đó ảnh hưởng đến gói thầu 7C phải chậm lại so với yêu cầu ban đầu, điều này ảnh hưởng rất lớn đến việc chuẩn bị thực hiện, gây khó khăn cho nhà thầu và cho chính công ty về quy định trong gói thầu có điều khỏan về chậm trễ thực hiện thầu.
Ở gói thầu lắp máy 7D, Tính toán của các chuyên gia cho thấy, tiến độ công việc đã bị chậm lại theo ước tính ít nhất là 50 ngày. Cũng như công trình khác, dự toán của gói thầu này chưa được phê duyệt nên chưa thể làm thủ tục đấu thầu, khả năng mọi thủ tục được thông qua ít nhất mất 25 ngày. Vậy cũng làm cho tiến trình kéo dài
Như vậy, sự ách tắc trong quá trình phê duyệt dự toán của 2 công trình trên làm cho chủ đầu tư là Giấy Bãi Bằng và hai nhà cung cấp thiết bị là Elof Hansson và Marubeni bị thiệt hại nghiêm trọng. Về phía các nhà cung cấp máy, kế hoạch sử dụng chuyên gia của họ cũng bị phá sản. Bởi đây là những chuyên gia hàng đầu, đã có kế hoạch đi lắp máy ở khắp các nước, cho từng dự án, đã được bố trí sát sao từng ngày. Mỗi ngày không sử dụng chuyên gia, chi phí cho chuyên gia vẫn mất 900 USD/người, trong khi nếu hết thời hạn theo hợp đồng là chuyên gia phải đi đến làm việc tại các dự án khác theo kế hoạch đã ký kết từ trước. Theo ước tính của chính Công ty Giấy Bãi Bằng, dự án đầu tư nâng cấp giai đoạn 1 này cứ chậm một ngày thì ngày ấy công ty thiệt hại 3,2 tỷ đồng.
Như vậy việc quản lý tiến độ dự án chưa tốt. Điều này xảy ra do khâu chuẩn bị yếu dẫn đến còn lúng túng trong việc xử lý những ách tắc trong quá trình phê duyệt. Khi thời gian các gói thầu bị trễ thì ảnh hưởng trực tiếp đến dự toán công trình trước tiên, sau đó chi phí cơ hội mất đi là thời gian không thể sản xuất kinh doanh được gây mất mát về thị trường và chỉ tiêu doanh thu bị ảnh hưởng, khấu hao vẫn phải diễn ra trong khi chưa sản xuất kinh doanh.