Để phát huy ưu điểm và khắc phục những tồn tại của các mô hình quản lý thuế trên, nhiều nước trên thế giới áp dụng mô hình quản lý thuế kết hợp các nguyên tắc quản lý: theo chức năng, theo nhóm đối tượng và theo sắc thuế, trong đó
xác định một nguyên tắc bao trùm. Thông thường có một số hình thức kết hợp sau (trong đó nguyên tắc đầu tiên là nguyên tắc bao trùm):
- Sắc thuế - Chức năng - Qui mô đối tượng - Chức năng - Qui mô đối tượng - Sắc thuế
- Đối tượng (qui mô, ngành nghề) - Chức năng - Sắc thuế
Trong 3 hình thức kết hợp trên, hình thức thứ 2 và thứ 3 được áp dụng rộng rãi và có ưu điểm hơn.
¾ Mô hình kết hợp Chức năng - Qui mô đối tượng - Sắc thuế:
Mô hình này thường được áp dụng ở các nước phát triển và đang phát triển và trong điều kiện thực hiện cơ chế cơ sở kinh doanh tự kế khai, tự tính thuế và tự
nộp thuế vào NSNN.
Theo mô hình này, trong cơ quan Thuế thành lập các bộ phận quản lý theo từng chức năng quản lý thuế (bộ phận hỗ trợ người nộp thuế; bộ phận kê khai và kế
toán thuế; bộ phận quản lý nợ và cưỡng chế thu nợ thuế; bộ phận kiểm tra, thanh tra thuế). Trong mỗi bộ phận quản lý theo chức năng nêu trên lại hình thành các bộ
phận quản lý đối với từng loại nhóm đối tượng nộp thuế (lớn, vừa, nhỏ hoặc theo từng ngành kinh tế: hàng không, điện lực, ngân hàng...). Ví dụ: Bộ phận hỗ trợ
doanh nghiệp lớn; bộ phận thanh tra các tập đoàn, các tổng công ty.
Tuy nhiên, cũng có những chức năng được thành lập để quản lý đối với tất cả
những NNT như: bộ phận kê khai, kế toán thuế sẽ quản lý việc kê khai của tất cả
các đối tượng nộp thuế và theo dõi kết quả thu thuế trong toàn ngành.
Bên cạnh các bộ phận quản lý thuế theo chức năng, một số sắc thuế (chủ yếu là thuế thu nhập cá nhân, thuế tài sản) lại được thành lập bộ phận quản lý riêng, độc lập để quản lý các sắc thuế này. Trong bộ phận quản lý theo sắc thuế, cũng thành lập các bộ phận quản lý theo từng chức năng. Ví dụ: trong bộ phận quản lý thuế thu nhập cá nhân, hình thành các bộ phận: hỗ trợ người nộp thuế, kê khai thuế thu nhập cá nhân, thanh tra thuế thu nhập cá nhân...
¾ Mô hình kết hợp Đối tượng (qui mô, ngành nghề) - Chức năng - Sắc thuế: