Để đảm bảo và tạo điều kiện thuận lợi hơn cho phía doanh nghiệp khi tham gia thực hiện thủ tục hải quan điện tử, cũng như cho cán bộ hải quan được thực hiện suôn sẻ , một số giải pháp được đặt ra:
Cải thiện nhanh chóng và nâng cấp phần mềm khai thủ tục hải quan sao cho thân thiện với người sử dụng hơn, có thể kèm theo các hướng dẫn chi tiết hơn, khắc phục các lỗi do đường truyền, nâng cấp máy chủ, triển khai thực hiện chữ kí số và việc thực hiện thủ tục như đăng kí tờ khai, thanh lý, vào sổ tàu... tất cả được tiến hành qua mạng internet để việc thông quan điện tử đạt hiệu quả hơn. Phần mềm khai hải quan cũng cần kết nối với các tổ chức thương mại, cơ quan quản lý nhà nước như thuế, kho bạc, ngân hàng... nhằm đơn giản hóa các thủ tục khai hải quan nhưng vẫn đảm bảo mức độ tuân thủ và an ninh cao.
Lắp đặt các hệ thống dự phòng rủi ro khi đường truyền có sự cố, lắp đặt hệ thống mạng , có kết nối , cài đặt phần mềm hải quan điện tử tại các cổng cảng nơi có giám săt hải quan để phục vụ công tác thông quan hàng hóa.
Các cơ quan chức năng liên quan cũng cần tăng cường tuyên truyền sâu rộng hơn nữa về thủ tục khai hải quan điện tử đến với cộng đồng và các doanh nghiệp xuất nhập khẩu, tổ chức nhiều buổi tập huấn hơn về khai hải quan điện tử, để từ đó có thể giải đáp thắc mắc, tháo gỡ được những khúc mắc cho doanh nghiệp.
Cần đảm bảo rằng tất cả nhân viên Hải quan được đào tạo để trang bị các kỹ năng cần thiết phục vụ cho việc thực hiện nhiệm vụ trong một môi trường điện tử hoàn toàn tự động.