Phòng Nội vụ cấp huyện là cơ quan nhà nước quản lý về công tác nội vụ, trực tiếp quản lý, tuyển dụng công chức cấp xã và nhiều công việc khác. Vì thế, Phòng Nội vụ có một cơ cấu tổ chức chặt chẽ, quy định cụ thể vị trí công việc, nhiệm vụ, quyền hạn của từng chức danh để đảm bảo thực hiện tốt chức năng của mình.
Căn cứ vào khoản 1, Điều 3 Quyết định số 02/2011/QĐ-UBND của Ủy ban nhân dân huyện Cờ Đỏ thì Phòng Nội vụ huyện có cơ cấu tổ chức như sau:
Phòng Nội vụ có một Trưởng phòng và hai Phó Trưởng phòng
- Trưởng phòng chịu trách nhiệm trước Ủy ban nhân dân huyện về toàn bộ hoạt động của Phòng; phụ trách chuyên sâu công tác cải cách hành chính, tổ chức bộ máy biên chế; đào tạo, bồi dưỡng;
- Một Phó Trưởng phòng phụ trách chuyên sâu công tác xây dựng chính quyền địa phương, quản lý công chức cấp xã; quản lý thanh niên; quy chế dân chủ, bầu cử;
- Một Phó Trưởng phòng phụ trách chuyên sâu công tác thi đua khen thưởng, lưu trữ nhà nước; tôn giáo; hội, tổ chức phi chính phủ;
- Chuyên viên phụ trách quản lý tổ chức bộ máy, biên chế tiền lương cấp huyện, quản lý giáo dục, đào tạo;
- Chuyên viên phụ trách quản lý tôn giáo; hội, tổ chức phi chính phủ;
- Chuyên viên phụ trách xây dựng chính quyền cơ sở, quản lý công chức cấp xã; địa giới hành chính; quy chế dân chủ, bầu cử;
- Chuyên viên phụ trách thi đua khen thưởng; lưu trữ nhà nước; - Chuyên viên phụ trách cải cách hành chính, công tác thanh niên; - Chuyên viên phụ trách kế toán; văn phòng tổng hợp; lưu trữ cơ quan.
Trên thực tế, căn cứ vào chức năng, nhiệm vụ và yêu cầu công tác thì Phòng Nội vụ huyện Cờ Đỏ có cơ cấu tổ chức gồm 10 thành viên, trong đó có 01 Trưởng phòng, 01 Phó
Trưởng phòng và 08 Chuyên viên, thiếu 01 Phó Trưởng phòng và dư 02 chuyên viên theo quy định. Tuy nhiên, dựa vào tình hình thực tiễn tại huyện Cờ Đỏ thì cơ cấu tổ chức như hiện nay của Phòng Nội vụ là hợp lý, đảm bảo thực hiện nhiệm vụ trong các kì tuyển dụng công chức cấp xã cũng như những hoạt động khác.