- Về nguồn vốn: Ngân hàng Chính sách xã hội còn bị động cân đối về tạo lập nguồn vốn để cho vay đối với các đối tượng chính sách nói chung và đặc biệt là đối với chương trình cho vay HSSV vì Chương trình cho vay HSSV là chương trình có khối lượng tín dụng lớn ( từ 30 đến 35 nghìn tỷ đồng) có thời hạn vay vốn dài, bình quân là 5 năm học chưa có thu nợ quay vòng, sau khi ra trường một năm mới thu món cho vay đầu tiên. Nguồn vốn cho vay còn hạn chế chưa đáp ứng được đầy đủ nhu cầu vay vốn của HSSV. Hiện nay, NHCSXH được giao nhiệm vụ huy động vốn để thực hiện chính sách tín dụng đối với HSSV theo cơ chế cấp bù lãi suất của Bộ Tài chính. Tuy nhiên, thực tế cho thấy, khả năng cạnh tranh của NHCSXH với các tổ chức tín dụng (nhất là các ngân hàng thương mại) hạn chế, nên NHCSXH gặp nhiều khó khăn từ việc huy động vốn từ thị trường, nhất là nguồn vốn để cho HSSV vay với thời hạn dài (khoảng 10 năm).
- Cho vay chưa đúng đối tượng: Quỹ tín dụng đạo tạo ra đời nhằm hỗ trợ một phần tài chính cho HSSV có hoàn cảnh khó khăn, nhưng thực tế một số HSSV có hoàn cảnh không khó khăn lại được vay vốn. Có nhiều nguyên nhân dẫn đến tình trạng này, trước hết là do cơ chế cho vay, trách nhiệm ràng buộc của các bên có liên quan còn thấp, cá biệt có địa phương chưa có trách nhiệm cao trong việc xác nhận hồ sơ vay vốn của HSSV nên vẫn xác nhận cho vay đối với cả HSSV không thuộc đối tượng được vay. Hơn nữa, việc chưa phải trả nợ gốc, không phải trả lãi trong thời gian sinh viên học tại trường là một chế độ ưu đãi rất hấp dẫn nên càng thu hút mọi đối tượng vay.
Về phía nhà trường: chưa có sự liên hệ chặt chẽ trong việc quản lý các sinh viên vay vốn. Tuy nhiên, trong trường hợp vào học kỳ II của năm học mà hộ gia đình đang vay vốn, HSSV bỏ học, trốn học nếu không có Giấy xác nhận của nhà trường về việc HSSV đang theo học tại trường thì Ngân hàng không thể kiểm tra khi phát tiền vay ở kỳ tiếp theo (trong khi đó cha, mẹ HSSV vẫn có thể tiếp tục nhận tiền vay kỳ tiếp theo của năm học) vì vậy dễ xảy ra tình trạng không thu hồi được nợ vay. Để việc xác định thời gian cho vay được chính xác đối với trường hợp HSSV mới nhập học, có thể quy
định bắt buộc HSSV phải có Giấy xác nhận của nhà trường sau khi đã nhập học (thường thì chỉ khoảng một tháng sau khi nhập trường) mới được vay vốn.
Một số trường đã thống kê được số lượng HSSV xác nhận nhưng chưa thống kê được chính xác số HSSV được vay vốn.
Chưa có cơ chế trao đổi thông tin về HSSV được vay vốn tín dụng giữa nhà trường và các chi nhánh NHCXSH. Đặc biệt là những HSSV được vay vốn trong quá trình học tập vi phạm pháp luạt, ngừng học, thôi học, chuyển trường…Do đó, việc hướng dẫn thủ tục và theo dõi, giám sát còn nhiều khó khăn.
- Hạn chế trong việc kiểm tra sử dụng tiền vay: cho vay HSSV thực chất là một khoản cho vay sinh hoạt, vì vậy việc kiểm tra, kiểm soát quá trình sử dụng vốn vay là rất phức tạp, hiện đang nằm ngoài sự kiểm soát của các nhà quản lý.
- Hạn chế về khả năng thu hồi vốn: theo cơ chế cho vay hiện hành, khi ra trường HSSV mới phải trả nợ. Do vậy, nhiều HSSV khi ra trường đã không cung cấp hoặc cung cấp sai địa chỉ nơi làm việc, địa chỉ gia đình khi có những thay đổi về giới hành chính hoặc chuyển đến địa chỉ mới, nhiều trường hợp bố mẹ cũng không biết hiện con mình đang ở đâu. Vì vậy, Ngân hàng rất khó khăn trong quá trình thu nợ dẫn đến nợ quá hạn phát sinh.
- Người vay chưa phải trả lãi trong suốt thời gian theo học tương đối dài. Việc quản lý và theo dõi nợ phải uỷ thác từng phần cho các tổ chức chính trị - xã hội, Tổ TK&VV và bản thân NHCSXH chi phí cho việc giải ngân lớn và không có thu lãi bù đắp một phần chi phí cũng gây khó khăn trong việc triển khai chương trình này.
- Không được sự hỗ trợ nhiệt tình của Chính quyền địa phương hoặc của Tổ TK&VV: đòi hỏi thủ tục rườm rà; trễ nãi trong quá trình thẩm định, chứng nhận và nộp hồ sơ lên ngân hàng.
- công tác tuyên truyền thông tin, phổ biến chính sách còn nhiều hạn chế. Nhiều hộ gia đình chưa hiểu rõ về các điều kiện vay, tính toán các khoản lãi vay cũng như thanh toán các khoản nợ trước hạn và đến hạn gây khó khăn cho các cán bộ tín dụng.