Khi lập các mục tiêu và chỉ tiêu, tổ chức phải cân nhắc một số yếu tố đầu vào, bao gồm: - các nguyên tắc và các cam kết trong chính sách môi trường của mình;
- các khía cạnh môi trường có ý nghĩa (và các thông tin thu được trong quá trình xác định chúng); - các nghĩa vụ tuân thủ;
- các rủi ro cũng như các cơ hội cần giải quyết như xác định tại 6.1.1, liên quan đến các vấn đề và các yêu cầu khác gây ảnh hưởng đến HTQLMT.
Tổ chức cũng cần cân nhắc:
- các ảnh hưởng khi đạt được các mục tiêu môi trường sẽ tác động đến các hoạt động và các quá trình khác;
- các ảnh hưởng có thể về hình ảnh của công ty đối với cộng đồng; - những phát hiện từ các cuộc xem xét về môi trường;
- các mục tiêu khác của tổ chức.
Các mục tiêu phải được lập từ lãnh đạo cao nhất của công ty tới các cấp và các bộ phận chức năng khác mà tại đó các hoạt động quan trọng sẽ được tiến hành để đạt được các cam kết về chính sách môi trường và các mục tiêu chung của tổ chức. Các mục tiêu môi trường cần nhất quán với các cam kết và chính sách môi trường nhằm bảo vệ môi trường, ngăn ngừa ô nhiễm, thực hiện các nghĩa vụ tuân thủ và cải tiến liên tục.
Mục tiêu có thể được biểu thị trực tiếp qua một mức cụ thể về kết quả hoạt động hoặc có thể được biểu thị theo cách chung và sau đó được xác định cụ thể qua một hay nhiều chỉ tiêu, tức là, phải đáp ứng yêu cầu chi tiết về kết quả hoạt động để đạt được một mục tiêu môi trường. Khi lập các chỉ tiêu, phải đảm bảo chúng có thể đo được. Các chỉ tiêu cần được gắn thời hạn thực hiện cụ thể.
Các mục tiêu môi trường do tổ chức đặt ra cần được xem như một phần của các mục tiêu quản lý chung của tổ chức đó. Sự tích hợp này sẽ nâng cao giá trị của không chỉ HTQLMT mà còn cả các quá trình kinh doanh mà ở đó áp dụng sự tích hợp này.
Các mục tiêu môi trường có thể được áp dụng cho toàn tổ chức hoặc ở diện hẹp hơn như một địa điểm cụ thể hay một số lĩnh vực hoạt động riêng biệt. Ví dụ, một cơ sở sản xuất có thể đưa ra mục tiêu chung về giảm năng lượng và mục tiêu đó có thể đạt được nhờ các hoạt động bảo tồn trong một bộ phận riêng biệt. Tuy nhiên, trong các tình huống khác, tất cả các bộ phận của tổ chức phải bằng cách nào đó cùng đóng góp để đạt được mục tiêu chung của tổ chức. Cũng có thể các bộ phận khác nhau của tổ chức, theo đuổi chung một mục tiêu, khi đó các bộ phận đó phải thực hiện các hành động khác nhau để đạt được những mục tiêu của chính các phòng ban đó.
Tổ chức cần xác định sự đóng góp của các cấp và các bộ phận chức năng khác nhau của mình trong việc đạt các mục tiêu, phải làm cho các thành viên riêng biệt trong tổ chức nhận thức được các trách nhiệm của mình.
Tài liệu và trao đổi thông tin về mục tiêu môi trường giúp nâng cao khả năng đạt mục tiêu môi trường của tổ chức. Tổ chức phải duy trì thông tin dạng văn bản về các mục tiêu môi trường, và các thông tin về mục tiêu môi trường liên quan cần được cung cấp cho những người có trách nhiệm để đạt được chúng và cho cả những người cần thông tin này để thực hiện các chức năng liên quan, chẳng hạn như kiểm soát việc thực hiện.