Mục tiêu chung của tất cả các ngành bảo hiểm là muốn tối thiểu mức độ rủi ro, mà hạn chế rủi ro cũng có nghĩa là tăng lợi nhuận. Bảo hiểm tiền gửi cũng không nằm ngoài tiêu chí đó, mặc dù mục tiêu không vì lợi nhuận, BHTG Việt Nam hoạt động trong lĩnh vực tiền tệ, việc quản lý rủi ro được đặt ra hàng đầu, góp phần cho các tổ chức tham gia BHTG hoạt động một cách an toàn và hiệu quả, việc chi trả tiền gửi được bảo hiểm chỉ là giải pháp sau cùng khi tổ chức tham gia BHTG mất khả chi trả dẫn đến phá sản. Mục tiêu chính của BHTG là sự ổn định về mặt chính trị, góp phần làm lành mạnh hoá hoạt động ngân hàng.
Trong tương lai hoạt động BHTG cần thiết có một thể chế giám sát từ xa các TCTD mà không cần thiết phải kiểm tra tại chỗ như hiện nay đang làm, việc kiểm tra của BHTG không làm cho các TCTD lành mạnh hơn, do năng lực về vốn cũng như nguồn nhân lực của BHTG Việt Nam chưa đủ khả năng để có thể kiểm soát rủi ro trong hoạt động ngân hàng, việc kiểm soát này đòi hỏi phải có sự phối hợp một cách đồng bộ giữa Chi nhánh NHNN các tỉnh trên địa bàn, các tổ chức kiểm toán, qua sự phối hợp đó nhằm làm lành mạnh hóa hoạt động ngân hàng thông qua kênh giám sát của tổ chức BHTG, góp phần duy trì sự ổn định của các TCTD mà nhất là các ngân hàng nhỏ và hệ thống QTDND cơ sở.
Trong giai đoạn hiện nay, việc xuất hiện kinh doanh ngân hàng của các tập đoàn ở Việt Nam trong thời gian gần đây là một điều đáng quan ngại, việc thiếu cơ chế giám sát rủi ro trong hoạt động ngân hàng trong các tập đoàn luôn tiềm ẩn những nguy cơ khó lường trước được, việc kiểm tra hoạt động tín dụng trong nội bộ ngành của các tập đoàn hiện nay NHNN Việt Nam cần phải có cơ chế giám sát chặc chẽ, bên cạnh đó BHTG Việt Nam là một kênh giám sát nhằm góp phần lành mạnh hóa hoạt động ngân hàng quốc gia.