Một trong những yếu tố có tác động trực tiếp đến công tác thẩm định dự án là công tác quản lý, tổ chức, điều hành và thực hiện dự án. Quy trình và nội dung thẩm định dù có hoàn thiện đến đâu đi nữa nhưng nếu không được tổ chức, quản lý phân công thẩm định một cách khoa học, chặt chẽ thì công tác thẩm định sẽ không đạt được kết quả cao. Mặt khác sự phân công thẩm định chồng chéo sẽ gây lãng phí nguồn nhân lực hay phân công thẩm định rởi rạc không có sự liên kết giữa các phòng ban thì không phát huy được ý kiến tập thể... Do vậy cần có một cơ chế tổ chức hợp lý để công tác thẩm định có thể đạt hiệu quả cao hơn.
Công tác tổ chức thẩm định phải sắp xếp theochiều hướng tinh giảm, gọn nhẹ nhưng phải đảm bảo về số lượng đủ đáp ứng yêu cầu công việc. Sắp xếp phân công cán bộ phù hợp với khả năng của mỗi người để phát huy năng lực kinh nghiệm của mỗi cán bộ thẩm định. Việc phân công công việc cho từng cán bộ phải hợp lý, tránh tình trạng một cán bộ phải đảm nhiệm quá nhiều công việc, từ đó không những ảnh hưởng đến việc thẩm định dự án nói riêng mà còn ảnh hưởng đến hoạt động của cả ngân hàng nói chung.
Khi phân công phải quy trách nhiệm tới từng cán bộ thẩm định nhằm nâng cao tính tự chủ sáng tạo và có trách nhiệm với công việc .
Tuy nhiên, công tác thẩm định không phải chỉ riêng phòng thẩm định thựchiện mà trong hoạt động thẩm định nên có sự kết hợp chặt chẽ hơn nữa giữa các phòng ban ngay từ khi bắt đầu nhận hồ sơ từ khách hàng, cũng như quá trình tiếp xúc, tìm hiểu doanh nghiệp, dự án vay vốn để phát huy được tinh thần cộng tác, sức mạnh tập thể giúp giảm thiểu rủi ro đạo đức như kết cấu với khách hàng… và những hạn chế vềchuyên môn của một số cán bộ thẩm định.
Bên cạnh đấy phải luôn có sự kiểm tra giám sát ban lãnh đạo, ban thanh tra kiểm soát của BIDV Quang Trung về hoạt động thẩm định trong việc thực hiện các phần nội dung, quy trình thẩm định có đầy đủ và tuân thủ như quy định hay không... để từ đó kịp thời có chính sách khen thưởng động viên các cán bộ thẩm định có kết quả công tác tốt và khiển trách xử phạt những cán bộ có hành vi sai phạm trong quá trình thẩm định.