4. Ph ạm vi nghiên cứu
3.5.1.Thu nhận và hiệu chỉnh kết quả giải trình tự
Sau khi thu nhận kết quả giải trình tự, các chuỗi DNA giải trình tự đầu tiên được
chỉnh sửa bằng phần mềm FinchTV. Những trình tự xấu được cắt bỏ hai đầu của tất cả
các trình tự thu được. Sau đó, tất cả các trình tự được chuyển vào phần mềm Sea view.
Trong các kết quả giải trình tự quan sát được các trường hợp: các đỉnh huỳnh quang
3.5.1.1. Trường hợp các đỉnh huỳnh quang nền
Các đỉnh huỳnh quang nền là các đỉnh không xác định nằm bên dưới các đỉnh
huỳnh quang quan tâm, nó có thể gây trở ngại cho khả năng đọc trình tự quan tâm
(Automated DNA Sequencing Chemistry Guide, 2000) như hình 3.18. Các tín hiệu
nền gây nhiễu thường hiện diện trong các trình tự nhưng không ảnh hưởng đến khả năng đọc trình tự nếu đỉnh huỳnh quang thực sự của trình tự có biên độ cao. Các đỉnh
huỳnh quang nền có thể là do lượng DNA khuôn dư thừa, thiếu hoặc bị nhiễm. Hầu
hết các kết quả giải trình tự trong nghiên cứu này đều bị nhiễu. Các tín hiệu nền gây
nhiễu được cho là do lượng DNA khuôn không đủ.
Hình 3.18. Biểu đồ huỳnh quang với các đỉnh huỳnh quang nền 3.5.1.2. Trường hợp các base không rõ ràng
Trong các kết quả giải trình tự, một số biểu đồ huỳnh quang có chứa các base
không rõ ràng. Ở hình 3.19, base T ở vị trí 447 không rõ ràng do có một đỉnh huỳnh
quang của base C nằm ngay bên dưới. Các base mập mờ được tìm thấy cùng với các
tín hiệu nền gây nhiễu làm cản trở việc đọc kết quả của trình tự. Để đọc được các base
mập mờ này cần kiểm tra bằng mắt biểu đồ huỳnh quang và so sánh trình tự bổ sung được giải bằng mồi ngược chiều.
Hình 3.19. Biểu đồ huỳnh quang có base không rõ ràng 3.5.1.3. Trường hợp cường độ tín hiệu thấp
Biểu đồ huỳnh quang ở hình 3.20 thể hiện cường độ tín hiệu thấp. Các đỉnh
huỳnh quang có cường độ tín hiệu thấp được cho là do có sự hiện diện của muối còn
dư và các protein trong DNA khuôn (Automated DNA Sequencing Chemistry Guide,2000). Để hạn chế trường hợp cường độ tín hiệu thấp, sản phẩm PCR cần phải được tinh sạch để loại bỏ muối và protein trước khi tiến hành giải trình tự.
Hình 3.20. Biểu đồ huỳnh quang có cường độ tín hiệu thấp