4. Ph ạm vi nghiên cứu
3.3.2.Kết quả giải và phân tích trình tự DNA vùng kiểm soát
3.3.2.1. Hiệu chỉnh trình tự
Sản phẩm khuếch đại vùng kiểm soát được gửi đi giải trình tự với cặp mồi
trên phần mềm FinchTV gồm có chuỗi trình tự các nucleotides và phần đồ thị phát huỳnh quang đặc trưng màu sắc cho từng loại nuclotide.
Hình 3.4. Biểu đồ huỳnh quang của trình tự vùng kiểm soát chó Thái Lan trên mồi 15412F
Hình 3.5. Biểu đồ huỳnh quang của trình tự vùng kiểm soát chó Thái Lan trên mồi 16625R
3.3.2.2. Lắp ráp trình tự
Các mẫu sau khi hiệu chỉnh bằng phần mềm FinchTV, cắt bỏ các tín hiệu có biên
độ không ổn định và khó phân biệt với tín hiệu nền ở hai đầu đoạn mồi, hai mạch
DNA được giữ lại có các đỉnh khá đều, khoảng cách các đỉnh không chồng lấn lên
nhau và phân biệt rõ ràng với tín hiệu nền. So sánh sự tương đồng của hai mạch DNA,
truy xuất trình tự đồng nhất của mẫu chó Thái Lan khảo sát. Trình tự đồng nhất là
Hình 3.6. Đoạn trình tự đồng nhất vùng kiểm soát chó có xoáy lưng Thái Lan
Các mẫu còn lại của tám mẫu chó có xoáy lưng Phú Quốc thực hiện truy xuất
trình tự đồng nhất tương tự như mẫu chó có xoáy Thái Lan. Chi tiết đồng nhất của 3/8
mẫu được thể hiện ở hình 3.7.
Hình 3.7. Đại diện một đoạn trình tự đồng nhất vùng kiểm soát của 3/8 mẫu khảo sát 3.3.2.3. So sánh trình tự truy vấn của các mẫu nghiên cứu với cơ sở dữ liệu trên
ngân hàng gen
Trình tự truy xuất từ đoạn gen vùng kiểm soát của mẫu chó Thái Lan được đem
BLAST trên ngân hàng gen để đánh giá mức độ tương đồng của cùng kiểm soát với
nguồn cơ sở dữ liệu trình tự gen lớn của thế giới, nhằm mục đích cho kết quả tham
khảo của nhóm loài tương đồng nhất của trình tự truy vấn. Sau khi so sánh trình tự
mẫu chó Thái Lan nghiên cứu với cơ sở dữ liệu trên ngân hàng gen, chúng tôi có kết
Hình 3.8. Kết quả BLAST của mẫu Thái Lan trên NCBI
Các mẫu còn lại thực hiện BLAST trên NCBI tương tự như mẫu Thái Lan. Kết
quả so sánh truy vấn của vùng kiểm soát trên ngân hàng gen NCBI cho kết quả đáng
tin cậy (mức độ tương đồng cao 99% đến 100% trên tám mẫu khảo sát) và đều thuộc
nhóm chó nhà (Canis lupus familiaris). Điều này cho thấy mẫu máu thu thập không bị
tạp nhiễm các mẫu khác, quá trình bảo quản mẫu tốt và đạt độ tin cậy cao.