Phương pháp được thiết lập, bắt đầu bằng công việc của Beijerinck (1890) và Miquel (1890-1893). Một số loài rất dễ phân lập và nuôi cấy, trong khi một số loài khác rất khó hoặc dường như không thể phát triển (Andersen, 2004). Thời gian là một yếu tố quan trọng đối với phân lập tảo. Một số sinh vật chết một cách nhanh chóng, thậm chí trong vòng 1 hoặc một vài giờ sau khi lấy mẫu. Đối với những sinh vật này, cô lập phải được tiến hành nhanh chóng. Tăng cường độ ánh sáng thường không tăng tốc độ tăng trưởng cho các tế bào phân lập, và trong nhiều trường hợp điều này là có hại (ví dụ, đối với nhiều tảo silic sống ở đáy). Thông thường, bước đầu tiên để cô lập thành công là sự hiểu biết và bắt chước điều kiện môi trường tự nhiên. Đối với tảo biển ven biển, nhiệt độ và độ mặn là quan trọng, với tảo nước ngọt thu thập được trong những tháng không lạnh thường ít nhạy cảm với nhiệt độ. Sự hiểu biết về các loài mục tiêu rất quan trọng. Tảo silic thường yêu cầu silica, euglenoids yêu cầu amoniac, và một số chi (ví dụ, Chrysochromulina) cần selen. Loài Mixotrophic thường yêu cầu một nguồn thức ăn do vi khuẩn và Pfiesteria có thể yêu cầu thức ăn có nguồn gốc nhân chuẩn. Bước thứ hai hướng cô lập thành công liên quan đến việc loại bỏ các chất gây ô nhiễm. Bước cuối cùng yêu cầu tiếp tục tăng trưởng khi cấy truyền, hay nói cách khác là chuẩn bị được môi trường nuôi phù hợp (Andersen, 2005).
Làm giàu môi trường nuôi đã được sử dụng như một giai đoạn trong việc phân lập đơn bào. Chúng được thành lập bằng cách thêm các chất dinh dưỡng cho các mẫu tự nhiên,
làm phong phú thêm các mẫu để tảo có thể phát triển. Các chất làm giàu, thường là nitrat, phosphate, hoặc đất nước chiết xuất. Khi các loài mục tiêu đáp ứng với môi trường làm giàu thì sự phân lập trở nên dễ dàng và thành công hơn. Ngoài ra, kết hợp các chất dinh dưỡng (ví dụ, nitrat và silica cho sự phát triển tảo silic) hoặc hoàn chỉnh môi trường nuôi có thể được bổ sung cho phù hợp với loài mục tiêu. Hơn nữa, một số sinh vật không quan sát thấy ở mẫu ban đầu đôi khi xuất hiện 7 đến 10 ngày sau đó. Các chất bổ sung vào làm giàu môi trường không nhiều, thường ở mức tối thiểu, chỉ một phần ngàn của môi trường nuôi được thêm vào (Andersen, 2005).