d) Chỉ thị SSR
2.1. Vật liệu nghiên cứu
-Nguồn vật liệu ngô dùng trong nghiên cứu: gồm 40 dòng ngô thuần (bảng 1) được bộ môn Công nghệ sinh học-Viện Nghiên cứu Ngô chọn tạo và
đánh giá qua nhiều thế hệ bằng phương pháp tự phối, các dòng ngô đạt được
độ đồng đều và ổn định về các tính trạng. Trong 40 dòng ngô, 28 dòng đã
được Bộ môn Công nghệ sinh học-Viện Nghiên cứu Ngô xác định có thời gian sinh trưởng ngắn, khả năng thích ứng với điều kiện hạn và 12 dòng còn lại được lựa chọn ngẫu nhiên từ tập đoàn dòng làm đối chứng trong thí nghiệm so sánh khả năng chịu hạn giữa các dòng ngô ở giai đoạn cây con. Từ đó làm tăng thêm cơ sở trong việc xác định nguồn vật liệu dùng phục vụ công tác chọn tạo giống ngô lai chín sớm, chịu hạn.
-27 mồi SSR sử dụng để đánh giá đa dạng di truyền được chọn lọc từ
cở sở dữ liệu mồi được phát triển bởi ABIONET-CIMMYT, nằm rải rác trên bộ genome ngô (n=10) (bảng 2).
Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 20
Bảng 1 :Danh sách các dòng ngô được sử dụng trong nghiên cứu
TT Dòng Nguồn gốc Ghi chú TT Dòng Nguồn gốc Ghi chú
1 C91 NK4350 Dòng chịu hạn 21 C362 DEKALB GOLD Dòng chịu hạn 2 C104 NK4350 Dòng chịu hạn 22 C575 C919 Dòng chịu hạn 3 C112 NK4350 Dòng chịu hạn 23 C582 MONSATO Dòng chịu hạn 4 C115 NK4350 Dòng bình thường 24 C583 MONSATO Dòng bình thường 5 C118 NK4350 Dòng bình thường 25 C601 MONSATO Dòng bình thường 6 C120 MONSANTO Dòng chịu hạn 26 C604 MONSATO Dòng chịu hạn 7 C127 CP4097 Dòng chịu hạn 27 C614 Trung Quốc Dòng chịu hạn 8 C140 TI8332 Dòng chịu hạn 28 C632 PAC339 Dòng chịu hạn 9 C157 TG8256 Dòng chịu hạn 29 C649 PAC339 Dòng chịu hạn 10 C174 30Y87 Dòng chịu hạn 30 C759 B163 Dòng chịu hạn 11 C175 NT6654 Dòng chịu hạn 31 C762 B164 Dòng chịu hạn 12 C182 NK54 Dòng chịu hạn 32 C771 DK6818 Dòng chịu hạn 13 C186 NK67 Dòng chịu hạn 33 C766 DK6818 Dòng chịu hạn 14 C189 NK67 Dòng bình thường 34 C767 DK6818 Dòng bình thường 15 C192 NK67 Dòng bình thường 35 C768 DK6818 Dòng bình thường 16 C194 NK67 Dòng chịu hạn 36 C769 NT6219 Dòng chịu hạn 17 C199 NK67 Dòng chịu hạn 37 C781 SH0914 Dòng chịu hạn 18 C252 E39 Dòng chịu hạn 38 C783 SH1021 Dòng chịu hạn 19 C256 E39 Dòng bình thường 39 C786 SH1021 Dòng bình thường 20 C360 DEKALB GOLD Dòng bình thường 40 C790 SH1021 Dòng bình thường
Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 21
Bảng 2: Danh sách mồi SSR
TT Tên mồi NST Trình tự mồi
Forward Forward
1 Phi 101049 2 CCGGGAACTTGTTCATCG CCGGGAACTTGTTCATCG
2 Umc1399 3 GCTCTATGTTATTCTTCAATCGGGC GCTCTATGTTATTCTTCAATCGGGC
3 Phi 076 4 TTCTTCCGCGGCTTCAATTTGACC TTCTTCCGCGGCTTCAATTTGACC
4 Phi 053 3 CTGCCTCTCAGATTCAGAGATTGAC CTGCCTCTCAGATTCAGAGATTGAC
5 Phi 078 6 CAGCACCAGACTACATGACGTGTAA CAGCACCAGACTACATGACGTGTAA
6 Phi 227562 1 TGATAAAGCTCAGCCACAAGG TGATAAAGCTCAGCCACAAGG
7 Phi 96342 10 GTAATCCCACGTCCTATCAGCC GTAATCCCACGTCCTATCAGCC
8 Phi 374118 3 TACCCGGACATGGTTGAGC TACCCGGACATGGTTGAGC
9 Phi 063 10 GGCGGCGGTGCTGGTAG GGCGGCGGTGCTGGTAG
10 Phi 072 4 ACCGTGCATGATTAATTTCTCCAGCCTT ACCGTGCATGATTAATTTCTCCAGCCTT
11 Phi 062 10 CCAACCCGCTAGGCTACTTCAA CCAACCCGCTAGGCTACTTCAA
12 Phi 448880 9 CGATCCGGAGGAGTTCCTTA CGATCCGGAGGAGTTCCTTA
13 Phi 213984 4 GTGACCTAAACTTGGCAGACCC GTGACCTAAACTTGGCAGACCC
Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 22
Bảng 2 (tiếp): Danh sách mồi SSR
TT Tên mồi NST Trình tự mồi
Forward Reverse
15 Phi 084 10 AGAAGGAATCCGATCCATCCAAGC CACCCGTACTTGAGGAAAACCC
16 Phi 109188 5 AAGCTCAGAAGCCGGAGC GGTCATCAAGCTCTCTGATCG
17 Umc1109 4 GCAACACAGGACCAAATCATCTCT GTTCGGTCCGTAGAAGAACTCTCA
18 Phi 065 9 AGGGACAAATACGTGGAGACACAG CGATCTGCACAAAGTGGAGTAGTC
19 Umc 1196 10 CGTGCTACTACTGCTACAAAGCGA AGTCGTTCGTGTCTTCCGAAACT
20 Umc 1143 6 GACACTAGCAATGTTCAAAACCCC CGTGGTGGGATGCTATCCTTT
21 Phi 108411 9 CGTCCCTTGGATTTCGAC CGTACGGGACCTGTCAACAA
22 Phi 100175 8 TATCTGACGAATCCCATTCCC GTACGTAACGGACGGACGG
23 Phi 423796 6 CACTACTCGATCTGAACCACCA CGCTCTGTGAATTTGCTAGCTC
24 Phi 102228 8 ATTCCGACGCAATCAACA TTCATCTCCTCCAGGAGCCTT
25 Phi 029 3 TTGTCTTTCTTCCTCCACAAGCAGCGAA ATTTCCAGTTGCCACCGACGAAGAACTT
26 Phi 083 2 CAAACATCAGCCAGAGACAAGGAC ATTCATCGACGCGTCACAGTCTACT
Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 23