Như mô tả trên hình 3.11,thư mục project bao gồm hệ thống các thư mục, file mà các lập trình viên sẽ thực hiện để viết một dự án cụ thể. Thư mục này bao gồm các thành phần:
- Thư mục app: thư mục này bao gồm các thành phần con:
+ Các thư mục MVC (controller, model, view) của dự án. Mỗi đối tượng trong dự án sẽ tương ứng với 3 file trong 3 thư mục MVC này. Ví dụ: đối tượng book sẽ có 3 file: book_controller.php (nằm trong thư mục controller), book_model.php (nằm trong thư mục model), book_view.php (nằm trong thư mục view). Ngoài ra, trong mỗi thư mục MVC sẽ có 1 file cơ sở: base_controller.php, base_model.php, base_view.php; đây là các Base functions kế thừa từ Core. Các lớp cụ thể sẽ kế thừa Base functions, ví dụ: Book_Controller kế thừa Base_Controller, Book_Model kế thừa Base_Model, Book_View kế thừa Base_View.
+ Library: các thư viện của dự án; bao gồm: css, js, lang (các file XML đa ngôn ngữ), các gói template như hình 3.12 dưới đây:
+ Page: các trang của dự án. Ví dụ: dự án website Tin tức sẽ có các trang: Trang chủ, Sự kiện, Thể thao, Văn hóa ...
+ Uploads : lưu các file do người dùng tải lên.
- file .htaccess : một tập tin dùng để cấu hình máy chủ web apache. Nó được máy chủ chấp nhận như là một thành phần và cho phép chúng ta thực hiện điều hướng và bật các tính năng một cách linh hoạt hoặc bảo vệ một phần (folder) nào đó của trang web.
- file app.yaml : là file cấu hình bắt buộc phải có khi sử dụng Google App Engine. App.yaml chứa các thông tin cần thiết để chạy ứng dụng trên môi trường Appengine. .yaml là định dạng dữ liệu được thiết kế nhằm mục đích để người và máy (các ngôn ngữ lập trình) cùng đọc được. yaml được dùng vào mục đích tương tự JSON, XML nhưng ngắn gọn xúc tích hơn.
- file config.php : lưu các thông tin cấu hình của dự án.
- file index.php : chỉ có nhiệm vụ duy nhất là gọi đến file main.php trong core Thư mục app có thể đặt bất kỳ đâu miễn là trong thư mục gốc.
Các thư mục core, default_library, app có thể đặt lại tên. Ví dụ : đặt tên là application, hoặc applications thay vì đặt tên là app. Nếu đặt lại tên của các thư mục này, cần sửa lại các khai báo tương ứng trong file config.php.