Trước tiên là vấn đề nhận thức, thực tế cho thấy, nhận thức về tầm quan trọng của bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ đối với cây trồng còn rất hạn chế dẫn đến số lượng đơn đăng ký chưa nhiều. Theo đánh giá của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn , sau hơn gần 14 năm là thành viên của UPOV, Việt Nam mới chỉ có khoảng 700 giống cây trồng được cấp bằng bảo hộ, so với chủng loại vô cùng phong phú, phân bố ở các địa phương thì chỉ như… “muối bỏ biển”. GS - TS. Trần Đình Long - Chủ tịch Hội Giống cây trồng Việt Nam - đánh giá, sau khi Việt Nam tham gia UPOV mặc dù công tác bảo hộ giống cây trồng đã có chuyển biến, một số giống đã được đăng ký bản quyền nhưng so với yêu cầu đề ra thì còn kém xa. Đến nay, việc bảo hộ bản quyền chỉ mới được áp dụng ở một số cây trồng chính.
Đáng chú ý, nếu vấn đề bảo hộ ở nước ngoài được thực hiện tương đối đơn giản thì tại Việt Nam lại vô cùng phức tạp, nông dân thích gì trồng nấy, việc xâm phạm bản quyền diễn ra khá phổ biến và dễ dàng.
Việt Nam có nhiều giống cây quý hiếm, tuy nhiên, do chưa chú trọng bảo hộ bản quyền nên đã bị rơi vào tay nước khác. Ví dụ như Việt Nam đã tạo ra giống lúa Jasmine 85, từng xuất khẩu sang Mỹ hơn 20 năm với giá cao nhưng do không đăng ký bản quyền đã bị một số nước lấy mất giống để sử dụng thành thương hiệu của họ. Một số giống lúa thơm của ta cũng đã bị Campuchia đăng ký bản quyền, xuất khẩu đi khắp nơi. Hay như giống thanh long, từ chỗ chỉ có thanh long ruột trắng, chúng ta nghiên cứu, lai tạo, nhập khẩu để phát triển thêm thanh long ruột đỏ. Nhưng chỉ vì không chú trọng đúng mức đến việc đăng ký bản quyền, Đài Loan đã lấy một số gen trong giống thanh long của Việt Nam, lai tạo để cho ra một giống thanh long mới ưu Việt hơn.
Mới đây, giống nhãn tím do một nông dân Sóc Trăng lai tạo đang bị một nhóm người Thái Lan về miền Tây tìm mua giống, gây ra lo ngại Thái Lan sẽ phát triển thành sản phẩm nông nghiệp đại trà. Điều này cho thấy, đã đến lúc vấn đề bảo hộ bản quyền giống cây trồng phải được nhìn nhận lại và cần có giải pháp căn cơ để bảo vệ nguồn gen quý. Rất nhiều giống lúa quý của Việt Nam đã được xuất ra nước ngoài theo các dự án hỗ trợ phát triển sản xuất và không biết việc bảo hộ, đăng ký bản quyền những giống lúa này đã được đề cập chưa....
Theo số liệu thống kê, Việt Nam có hơn 800 sản phẩm nông, lâm, thủy sản tham gia thị trường nhưng chỉ khoảng 50 sản phẩm có chỉ dẫn địa lý, 140 sản phẩm có nhãn hiệu chứng nhận và bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ. Trong đó, một số ít sản phẩm giống cây trồng được đăng ký bảo hộ ở nước ngoài, như: cà phê Ban Mê Thuột, thanh long Bình Thuận, vú sữa Lò Rèn... “Nông sản Việt Nam đã xuất hiện ở nhiều vùng lãnh thổ, quốc gia, trong đó nhiều đặc sản nổi tiếng vùng miền bị nhái tràn lan, ở thị trường trong và ngoài nước… Mặt khác, do chưa chú trọng việc đăng ký bảo hộ sở hữu trí tuệ, nhiều nông sản của Việt Nam được các doanh nghiệp nước ngoài nhập về chế biến lại và mang thương hiệu nước ngoài. Thậm chí, nhiều sản phẩm dù được bảo hộ tên gọi xuất xứ, chỉ dẫn địa lý nhưng chưa xây dựng được thương hiệu, nhãn mác. Đây chính là những vấn đề nan giải đặt ra.
Theo cam kết gia nhập Hiệp hội UPOV, đến năm 2016, nước ta phải bảo hộ tất cả các giống cây trồng. Dù đã có rất nhiều cố gắng, rất nhiều thành tựu nhưng đến nay, dường chúng ta chưa đạt trọn vẹn được mục tiêu này. Có nhiều nguyên nhân khiến các tổ chức, cá nhân còn thờ ơ với việc đăng ký bảo hộ giống cây trồng. Đa phần chủ sở hữu chưa thấy được lợi ích trực tiếp từ việc đăng ký bảo hộ giống cây trồng.
Việc tạo ra giống mới ở nước ta hiện nay chủ yếu nhằm mục đích phục vụ cho nhu cầu sản xuất của nông dân mà chưa được khai thác giá trị thương mại. rào cản lớn nhất hiện nay trong bảo hộ giống cây trồng là vấn đề thương mại hóa tài sản trí tuệ từ các giống cây trồng mới chưa được quan tâm. Bởi các công trình nghiên cứu về giống cây trồng thường sử dụng ngân sách Nhà nước với mục tiêu làm ra các giống tốt phục vụ nhu cầu sản xuất cho nông dân là chính. Do vậy, việc độc quyền khai thác giá trị thương mại hầu như không được tính đến. Hiện nay, nhiều cán bộ nghiên cứu chưa nhận thức cao về bảo hộ giống cây trồng trong khi doanh nghiệp không mặn mà đến việc thực thi quyền sở hữu trí tuệ. Về phía người nông dân do tập quán canh tác, họ ít ý thức được các hành vi vi phạm đối với bản quyền giống cây trồng. Mặt khác, việc tranh chấp quyền sở hữu trí tuệ còn phức tạp, tốn nhiều thời gian nên hầu hết chủ sở hữu ngán ngại và dẫn đến hệ lụy là việc khai thác sản phẩm nghiên cứu bị hạn chế. Trong khi tại nhiều nước phát triển, các đơn vị nghiên cứu tạo ra giống mới sẽ bán quyền khai thác giống này cho doanh nghiệp để họ sản xuất hay xuất khẩu cây trồng. Rõ ràng, nếu vấn đề thương mại của giống cây trồng không được quan tâm, chú trọng thì các tổ chức, cá nhân nghiên cứu sẽ khó có được động lực tìm kiếm, lai tạo giống mới cho năng suất, chất lượng cao.