a.Tôm
Tôm nguyên liệu được thu gom từ nhiều nguồn manh mún, nhỏ lẻ làm cho chất lượng không đồng nhất, rất khó kiểm soát dư lượng hóa chất, kháng sinh bị cấm và không thể truy xuất được nguồn gốc, khó sử dụng để chế biến hàng xuất khẩu cao cấp nên hiệu quả chế biến xuất khẩu không cao.
Việc chế biến các sản phẩm GTGT từ tôm còn ít, chỉ chiếm khoảng 30%, còn lại 70% là xuất khẩu dưới dạng nguyên liệu, sơ chế, bán thành phẩm tươi/sống/đông lạnh.
b.Cá tra
Các sản phẩm chế biến từ cá tra nhìn chung còn đơn điệu, chủ yếu là sản phẩm cá tra phi lê đông lạnh chiếm đến trên 95% (phi lê, nguyên con, cắt khúc), số còn lại cũng chỉ là các sản phẩm có hình thức khác hơn một ít so với phi lê. Loại sản phẩm chế biến sâu, phối chế, làm sẵn, ăn liền tuy bước đầu có sản xuất (cá kho tộ, viên, chả giò, lạp xưởng, chà bông, bánh phồng, khô ăn liền,...) nhưng còn rất ít, chiếm khoảng 5%.
Chế biến sản phẩm GTGT cá tra đòi hỏi nhiều lao động, sản lượng chế biến đạt thấp, vòng quay vốn dài, đối tượng khách hàng hạn chế, rủi ro lớn nên các doanh nghiệp chưa có quan tâm đúng mức sản xuất sản phẩm GTGT.
Thiết bị công nghệ chế biến hiện nay chủ yếu để sản xuất cá tra phi lê đông lạnh, rất thiếu thiết bị công nghệ sản xuất ra sản phẩm GTGT, nhất là giai đoạn hiện nay thì việc mua thiết bị công nghệ mới là điều khó đối với doanh nghiệp.
Các phụ phẩm trong chế biến cá tra phi lê đông lạnh như đầu, xương, da, vây, nội tạng, mỡ ...tuy đã tận dụng để sản xuất ra các sản phẩm như dầu cá, bột cá, bong bóng, bao tử cá... nhưng sản phẩm còn thô, chưa có những sản phẩm cao cấp dùng trong dược phẩm hoặc mỹ phẩm như tinh dầu cá, gelatine, thực phẩm chức năng chứa vi chất... có GTGT cao.
c. Cá ngừ
Chưa chú trọng đầu tư và liên kết chặt chẽ với hoạt động khai thác, bảo quản, thu mua để nâng cao chất lượng sản phẩm sau thu hoạch. Đặc biệt là công tác bảo quản sản phẩm đảm bảo chất lượng để sản xuất hàng tươi sống có giá trị kinh tế cao.
Trong khâu chế biến: hiện nay tỷ trọng các sản phẩm chế biến có giá trị gia tăng của cá ngừ mới đạt khoảng 13% trong tổng sản phẩm cá ngừ xuất khẩu. Đầu tư trang thiết bị, công nghệ trong bảo quản sản phẩm ăn liền, tươi sống; chế biến các sản phẩm đóng hộp, hun khói,…nhằm nâng cao chất lượng và giá trị cho cá ngừ.
7. Tiêu thụ
Thủy sản Việt Nam hiện nay được tiêu thụ ở hơn 160 thị trường. Thị trường tiêu thụ ngày càng được mở rộng và ngày càng có chỗ đứng quan trọng ở những thị trường lớn. Mỹ, Nhật Bản, EU là 3 thị trường lớn nhất, chiếm 50-60% giá trị XK của Việt Nam.
Trung Quốc trong mấy năm gần đây trở thành thị trường lớn và quan trọng thứ 4 của Việt Nam, có mức tăng trưởng NK cao, tuy nhiên, thị trường này hay biến động, DN thiếu thông tin về cung cầu thị trường và dễ gặp rủi ro. Bên cạnh đó, sản phẩm thủy sản XK sang thị trường này phần lớn là dạng nguyên liệu giá trị thu về thấp. Việc đàm phán và giải quyết thành công các rào cản trong thương mại như: chống bán phá giá, chống trợ cấp chính phủ, TBT,… cũng đã tạo thêm niềm tin cho các doanh nghiệp xuất khẩu tôm trong nước cũng như các nhà nhập khẩu tôm của Việt Nam.
Sản phẩm thủy sản Việt Nam chưa có thương hiệu trên thị trường thế giới, đặc biệt ở phân khúc bán lẻ cho người tiêu dùng. Thông thường, thủy sản Việt Nam mới chỉ được XK trực tiếp cho nhà NK, sau đó được dán nhãn mác, thương hiệu của nhà NK
hoặc nhà phân phối rồi mới đến tay người tiêu dùng. Do vậy giá trị sản phẩm DN thu về không cao.
Thị trường tiêu thụ trong nước mới chỉ được quan tâm trong vài năm gần đây, trong khi tiêu thụ thủy sản bình quân theo đầu người của Việt Nam tăng bình quân 5%/năm trong giai đoạn 1990-2010, nếu xu hướng này vẫn được thiết lập trong thời gian tới thì dự báo mức tiêu thụ thủy sản vào các năm 2015 và 2020 lần lượt là 33-37 kg/người.
Về mô hình tổ chức sản xuất và tiêu thụ: Các mô hình nuôi nhỏ lẻ còn nhiều. Chưa có sự phối hợp chặt chẽ giữa người sản xuất, doanh nghiệp dẫn đến việc tiêu thụ sản phẩm của người nuôi ở nhiều thời điểm gặp nhiều khó khăn, thiếu bền vững. Việc phân chia lợi ích trong chuỗi sản xuất chưa hợp lý, lợi ích giữa người nuôi và doanh nghiệp chế biến chưa đạt mức hài hòa, nên thua lỗ luôn thường trực đối với người nuôi.