Vệ sinh phòng bệnh nhằm nâng cao sức đề kháng cho đàn lợn luôn là vấn đề được đặc biệt quan tâm. Cùng với việc vệ sinh thức ăn, nước uống, vật nuôi, dụng cụ chăn nuôi, sinh sản… thì việc vệ sinh chuồng trại, cải tạo tiểu khí hậu chuồng nuôi luôn được kỹ thuật viên và đội ngũ công nhân thực hiện chặt chẽ.
Chuồng trại được thiết kế và xây dựng theo đúng tiêu chuẩn kỹ thuật đảm bảo thoáng mát về mùa hè, ấm áp về mùa đông. Sau mỗi lứa lợn, chuồng trại đều được tẩy uế bằng phương pháp: rắc vôi tại các hành lang các khu chuồng, rửa sạch ô nhốt lợn, để khô sau đó phun thuốc sát trùng như TRD- Lodine, Benkocid và để trống chuồng nuôi tối thiểu là 5 ngày mới đưa lợn nái chờ đẻ khác lên. Với lợn con tuyệt đối không tắm rửa để tránh lạnh và ẩm ướt, định kỳ tiêu độc ở các chuồng nuôi lợn nái, lợn đực làm việc bằng thuốc sát trùng, Trung tâm còn thường xuyên tiến hành vệ sinh môi trường xung quanh như việc dọn cỏ, phát quang bụi rậm, diệt chuột, thu dọn phân hằng ngày ở các ô chuồng.
Khi ra vào trại, tất cả mọi người đều phải được phun qua thuốc sát trùng, trước khi xuống trại phải thay bảo hộ lao động (quần, áo, ủng, mũ,
khẩu trang) chỉ sử dụng trong khu vực chăn nuôi nhằm hạn chế mang mầm bệnh từ bên ngoài vào.
Hệ thống thông thoáng đối với chăn nuôi lợn công nghiệp rất quan trọng, ngoài việc cung cấp đủ oxy cho quá trình hô hấp của lợn, nó còn giúp giải phóng khí độc do phân, nước tiểu gây ra. Chính vì vậy, Trại đã sử dụng hệ thống làm mát và chống nóng ở mỗi dãy chuồng vào mùa hè và hệ thống sưởi ấm vào mùa đông. Bên cạnh đó các dãy chuồng được sắp xếp hợp lý để đảm bảo ấm áp vào mùa đông, thoáng mát về mùa hè.
Đặc biệt vào mùa hè, thời tiết rất nóng sẽ ảnh hưởng không nhỏ đến khả năng sinh sản của đàn lợn nái cũng như sự sinh trưởng và phát triển của lợn con. Do đó Trại đã lắp đặt hệ thống chống nóng gồm hệ thống quạt gió ở cuối mỗi dãy chuồng có tác dụng hút không khí có hơi nước từ hệ thống phun mưa trên mái chuồng tạo luồng khí mát, thông thoáng. Hai dãy tường chuồng được phủ một tấm lưới cách nhiệt và có tác dụng giữ ẩm. Chính vì vậy không khí trong chuồng lợn luôn mát và nhiệt độ luôn duy trì trong khoảng 28o
C - 30oC.
Trung tâm trang bị hệ thống lồng úm trong có treo một bóng đèn hồng ngoại công suất 175W hoặc lắp một tấm sưởi ở mỗi ô chuồng. Với lợn sau cai sữa cũng có một đèn sưởi hoặc tấm sưởi ở mỗi ô chuồng, đảm bảo luôn duy trì nhiệt độ thích hợp cho lợn con.
