Trong ngành công nghiệp bia ngoài khí thải, chất thải rắn thì nước thải là vấn đề ô nhiễm lớn nhất. Để giảm tải lượng của dòng nước thải, việc thực hiện các giải pháp giảm thiểu chất thải, sử dụng hóa chất, phụ gia tiết kiệm và hợp lý đã đem lại hiệu quả rõ rệt. Các chất thải rắn như bã malt và houblon, cặn nóng, nấm men thừa, bã chất trợ lọc Kieselguhr, nhãn mác …tại các cơ sở sản xuất đã
được thu gom tuy nhiên chưa triệt để lên rất dễ đi vào dòng thải. Gây tắc cống, làm tải lượng dòng thải và hàm lượng chất ô nhiễm tăng.
Bã malt, nấm men với nhiều thành phần chất dinh dưỡng giàu vitamin và protein thường được dùng để làm thức ăn cho gia súc và sấy thành dạng khô để dễ bảo quản, giảm phí vận chuyển. Một hướng khác có thể quan tâm đó là sử dụng nấm men trong ngành dược phẩm.
Sử dụng dịch chứa cặn nóng để làm nước rửa bã nhằm tận thu phần dịch đường còn trong cặn sau đó thu gom bán cho các cơ sở chăn nuôi.
Đối với bột trợ lọc, áp dụng biện pháp ép bùn trợ lọc và sấy khô, một phần nấm men bám theo bột trợ lọc và thành phần này có thể được sử dụng làm phân bón trong nông nghiệp. Hiện nay, người ta sử dụng bột trợ lọc thải để dùng trong công nghiệp xây dựng như sản xuất gạch, xi măng.
Để giảm lượng khí tạo ra từ nhà nấu có thể sử dụng hệ thống ngưng tụ hơi lắp đặt trên các nồi nấu và được nén lại nhờ các máy nén khí. Lượng CO2 sinh ra từ công đoạn lên men được thu hồi làm giảm lượng khí thải và mang lại lợi ích về kinh tế. Để giảm tiếng ồn phát ra sử dụng biện pháp làm vỏ cách âm ở những thiết bị gây tiếng ồn lớn, làm kết cấu tường đôi để cách âm. Bụi được sinh ra từ công đoạn tiếp nhận, vận chuyển và nghiền malt, gạo. Trong phân xưởng bụi được thu hồi bằng hệ thống hút và lọc bụi hay thay thế hệ thống nghiền khô bằng nghiền ướt.