M: hỗn hợp aa 1: aa kiềm 2: aa trung tính
b: khoảng cách từ điểm xuất phát đến tiền
xuất phát đến tiền
tuyến của dung môi Điểm xuất phát Tiền tuyến của dung môi a2
2.7.2- Sắc ký trao đổi ion
- Thường dùng cationit gắn Na+
- Dung dịch acid (pH=3) của hổn hợp acid amin
- Acid amin sẽ tích điện dương, đẩy Na+ ra và kết hợp vào
- Dùng dung dịch tách để tách các acid amin ra từng phân đoạn (có sự tăng dần pH và nồng độ NaCl)
3- PEPTID
- Gồm từ 2 đến vài chục acid amin gắn bởi liên kết peptid
- M< 6000
- Trong tự nhiên ở dạng tự do có hoạt tính sinh học (Insulin, peptid kháng sinh)
- Hoặc là sản phẩm dở dang của protein 3.1- Cấu tạo và danh pháp
3.1.1- Cấu tạo
3.1.2- Danh pháp
- Di, Tri, Tetra… polypeptid
- Gọi theo tên thông dụng : Glucagon, Insulin - Theo danh pháp hóa học
Ví dụ;
H2N-Seryl-Glycyl-Tyrosyl-Alanyl-Leucin-COOH - Hoặc dùng ký hiệu: Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu
- Hay : S-G-T-A-L
- Đoạn chưa xác định, được để trong ngoặc Ala-Gly-(Ala-Ser-Gly)-Tyr
3.2- Các liên kết ảnh hưởng đến cấu trúc của peptid và protein
3.2.1- Liên kết peptid
- Liên kết cơ bản mà các acid amin kết hợp với nhau trong phân tử peptid và protein
-Liên kết amid (liên kết đồng hóa trị) tức là liên kết được tạo thành do sự kết hợp giửa nhóm -COOH của acid amin này với nhóm -NH2 của acid amin kia (hoặc nhóm imin của prolin và hydroxy prolin) loại đi một
phân tử nước CH R N H2 COOH CH R N H2 COOH -CO – NH-
C N N H O C N H O- + Liên kết peptid
-Đặc điểm : nguyên tử oxy của nhóm carboxyl ở vị trí
trans đối với nguyên tử hydro của nhóm NH
-Các nguyên tử trong nhóm peptid đều nằm trên một mặt phẳng
3.2.2- Các liên kết khác
-Có vai trò quan trong trong việc hình thành và duy trì cấu trúc bậc II, bậc III và bậc IV của protein
- Đó là các liên kết : disulfur, liên kết hydro, liên kết muối…
3.2.2.1- Liên kết disulfur (S-S)= cầu disulfur
- Liên kết đồng hóa trị được tạo thành do sự kết hợp giữa hai phân tử Cystein với nhau, loại đi 2 H
Cys- SH
Cys- SH Cys-S-S-Cys
- Hình thành giửa 2 Cystein/cùng một chuổi polypeptid hoặc giửa 2 Cystein thuộc 2 chuỗi polypeptid khác nhau
Cys Cys Cys
S
S S S
Cys Cùng 1 chuỗi
Cầu disulfur :
- đóng vai trò quan trọng trong việc duy trì cấu trúc bậc 3 của protein
- càng nhiều thì cấu trúc của protein càng chặt chẻ, vững bền
Protein của tóc, lông, móng sừng rất bền vững với các tác nhân hóa học do chứa tới 12% Cystein
3.2.2.2-Liên kết hydro
- lực hút tĩnh điện giữa nguyên tử hydro thừa điện dương và nguyên tử oxy thừa điện âm
- là liên kết yếu nhưng nhiều,
-tác dụng to lớn trong việc hình thành và duy trì cấu trúc không gian của chuỗi polypeptid, đặc biệt là cấu trúc bậc II của protein N H R CH C O NH CH R C O N N C R H C O C H R N H C O C N R H H C O C H R C O H N
3.2.2.3-Liên kết muối (liên kết ion)
- lực hút tĩnh điện giữa các nhóm –COO- (của acid amin acid : Glu, Asp) và các nhóm NH3+ (của acid amin kiềm : Lys, Arg)
CH2C C O O NH3+ -
Các tương tác không phân cực khác : - Gốc phenyl của phenylalanin
- Nhóm – CH3 của Alanin, Leucin - Nhóm – C2H5 của Isoleucin…
3.3- Tính chất của peptid 3.3.1- Tính acid-baz 3.3.2- Tính chất hóa học - DNFB, PITC (nhóm -amin) - Khử, loại nhóm carboxyl - Phản ứng của gốc R
3.4- Cách xác định thứ tự acid amin trong chuổi polypeptid
3.4.1- Phân tích thành phần acid amin
-Thủy phân hoàn toàn chuổi polypeptid
HCl N ở 100-120 độ C /10 – 24 giờ
Nhược điểm :
- Tryptophan bị phá hủy hoàn toàn
- Serin và threonin bị phá hủy một phần
- Glutamin và asparagin chuyển thành acid glutamic, acid aspartic và NH4+
*Thủy phân bằng kiềm nóng
- Cystein, Serin và Threonin bị phá hủy - Các acid amin đều bị racemic hóa
- Tryptophan không bị phá hủy
-Xác định thành phần acid amin + Sắc ký + Điện di Định tính Định lượng Số lượng của các acid amin
3.4.2- Xác định acid amin N tận của chuổi polypeptid
-Phản ứng Sanger
DNFB + H2N- peptid DNP-peptid + HF
DNP-peptid
DNP-aa(N tận) + (n-1) aa tự do So với các DNP-aa mẫu