Khi triển khai Đề án Đào tạo, bồi dưỡng công chức cấp xã tỉnh Ninh Thuận giai đoạn 2016 - 2020 dự kiến sẽ gặp phải những khó khăn, thách thức chủ yếu sau:
- Hạn chế về nguồn kinh phí. Ninh Thuận là tỉnh nghèo, trong khi vào những năm gần đây tình hình khô hạn rất nghiêm trọng. Cùng với sự trợ giúp của Trung ương thì ngân sách địa phương phải ưu tiên cho chống hạn, bảo đảm đời sống của nhân dân. Do vậy, kinh phí cho công tác đào tạo, bồi dưỡng cán bộ, công chức nói chung hạn hẹp, trong khi nhu cầu đào tạo, bồi dưỡng tăng lên.
- Khó khăn về chương trình, nội dung đào tạo, bồi dưỡng. Được sự giúp đỡ của Học viện Hành chính, Học viện Chính trị quốc gia Hồ Chí Minh và các bộ, ban, ngành trung ương, Ninh Thuận đã có nhiều chương trình đào tạo, bồi dưỡng công chức nói chung, công chức cấp xã nói riêng. Tuy nhiên, chất lượng, tính phù hợp của các chương trình vẫn còn hạn chế. Hiệu quả thực tế của các chương trình đào tạo, bồi dưỡng còn hạn chế. Đã vậy nguồn nhân lực để thực hiện các chương trình này, nhất là đội ngũ giảng viên, báo cáo viên có kinh nghiệm thì Ninh Thuận vẫn chưa chủ động được. Trong khi một số ít công chức cấp xã cũng như một số ít cán bộ lãnh đạo, quản lý chưa thực sự quan tâm đến công tác này.
- Mỗi công chức cấp xã đảm nhận một chức danh tương ứng, do biên chế ít, tại các xã thường chỉ do 01 công chức đảm nhận (chỉ có một số ít xã có 02 công chức/chức danh) nên việc bố trí thời gian, sắp xếp công việc để tạo điều
kiện cho công chức tham gia đào tạo, bồi dưỡng là rất khó khăn, nhất là đối với những xã có nhiều cán bộ, công chức chưa đủ chuẩn, có nhu cầu đào tạo, bồi dưỡng nhiều.