Để đánh giá việc sử dụng kinh phí đã cấp phát, vào ngày 15 cuối quý, Sở y tế có thể phối hợp với Sở Tài chính kiểm tra tình hình thực hiện quyết toán kinh phí quý trớc và cấp kinh phí quý sau. Mỗi năm, đơn vị thụ hởng ngân sách có trách nhiệm lập báo cáo quyết toán cho ngân sách năm của đơn vị mình để gửi lên Sở Y tế đồng thời gửi Sở Tài chính vật giá.
Tài liệu quyết toán gồm : - Bảng cân đối tài khoản
- Tổng hợp kinh phí và quyết toán kinh phí
+ Chi tiết kinh phí hoạt động đề nghị quyết toán + chi tiết kinh phí dự án đề nghị quyết toán + Bảng đối chiếu hạn mức kinh phí
- Báo cáo tình hình tăng giảm tài sản
- Báo cáo kết quả hoạt động sự nghiệp có thu - Thuyết minh báo cáo tài chính
- Biên bản thẩm tra quyết toán nội bộ. Việc duyệt quyết toán đợc tiến hành nh sau :
- Các đơn vị phải báo cáo quyết toán của đơn vị mình gửi lên cơ quan dự toán cấp I hoặc cơ quan tài chính theo đúng biểu mẫu báo cáo để cơ quan cấp trên có cơ sở tiến hành kiểm tra quyết toán. Thời gian gửi không chậm quá 45 ngày đến 60 ngày sau khi kết thúc năm báo cáo.
- Cơ quan dự toán cấp I kết hợp với cơ quan Tài chính tiến hành kiểm tra quyết toán tại đơn vị cơ sở nhằm xác định tính chính xác của số liệu báo cáo quyết toán, kiểm tra tính hợp pháp, hợp lệ chi tiêu theo đúng chế độ chính sách, đúng định mức của nhà nớc.
Những trờng hợp chi sai, vi phạm chế độ chính sách tài chính phải đợc xuất toán, thu hồi về ngân sách hoặc khấu trừ vào ngân sách năm sau, thời gian duyệt tối đa không quá 30 ngày kể từ ngày nhận đợc báo cáo quyết toán. Các đơn vị dự toán cấp I thông báo cho các đơn vị quyết toán cấp II biết kết quả duyệt quyết toán. Sau khi duyệt quyết toán, đơn vị duyệt quyết toán có trách nhiệm tổng hợp quyết toán gửi lên Sở Tài chính vật giá.