Như sơ đồ 1.3 chúng ta thấy phương pháp phá vỡ màng tế bào thường được sử dụng để phân tích định lượng, cấu trúc và các isoenzym. Đây là những phương pháp phân tích hết sức tinh tế và có độ nhạy, độ đặc hiệu cao. Cùng với sự phát triển của các ngành khoa học hoá học, vật lý và sinh học phân tử các kỹ thuật này đang trở thành những công cụ không thể thiếu trong các phòng thí nghiệm. Các máy PCR, máy điện di có gắn các thiết bị phân tích quét đo tỷ trọng (scanning densitometry) cho phép phân tích nhanh chóng, chính xác các isoenzym cũng như giải mã cấu trúc phân tử của các phân tử enzym phức tạp. Tuy nhiên phương pháp phân tích này có nhược điểm là không xác định được vị trí của enzym trong các tế bào. Ngoài ra phương pháp đòi hỏi phải có các trang thiết bị, chất chuẩn, kiểm chuẩn đổng bộ phù hợp với phương pháp phân tích và người sử dụng phải có trình độ hiểu biết cao. Vì thế kỹ thuật này thường được sử dụng phổ biến trong các phòng thí nghiệm nghiên cứu hoặc ứng dụng vào các ngành cần nhu cầu công nghệ cao.
Kỹ thuật không phá vỡ màng tế bào có ưu điểm là xác định được chính xác vị trí của enzym trong tế bào như khi còn đang sống nhờ vào kỹ thuật cố định. Kỹ thuật có độ nhạy và độ đặc hiệu cũng khá cao đủ để đáp ứng cho công việc xác định enzym. Đặc biệt kỹ thuật thường đơn giản và tuỳ theo nhu cầu về mức độ phân tích mà cần trang thiết bị phù hợp vì thế nhuộm hoá học tế bào có thể áp dụng rất tốt từ những phòng thí nghiệm đơn sơ đến hiện đại. Nhược điểm lớn nhất của kỹ thuật nhuộm enzym là khó tiến hành định lượng. Quá trình phân tích chỉ mang tính chất bán định lượng theo phương pháp phân độ và tính điểm. Tuy vậy các nghiên cứu gần đây sử dụng các kỹ thuật ghép nối thu nhận ảnh với máy vi tính
Kỹ thuật phân tích hình ảnh kết hợp với nhuộm hoá học tế bào bằng máy đo ảnh quét tế bào gắn với máy tính là một thí dụ, đã khắc phục một phần nhược điểm của kỹ thuật nhuộm hoá học tế bào [34]. Trước hết nó tránh được sự che phủ của các chromogene nhờ đó có thể quan sát được toàn bộ các vùng có chứa các chất màu đặc hiệu đối với enzym. Thứ hai có thể xử lý ảnh thu được theo kỹ thuật số bằng một số phần mềm cho phép cắt tế bào thành từng lớp siêu mỏng để tiến hành phân tích cường độ màu tại vùng nghiên cứu. Do cường độ màu tỷ lệ tuyến tính với hàm lượng và hoạt tính của enzym nên bằng phương pháp thay đổi nồng độ cơ chất, nhiệt độ, thời gian, chất ức chế, hoạt hoá cùng với mẫu chuẩn cho phép phân tích định lượng tương đối chính xác hoạt tính của ANAE. p Champelovier và c.s
(1994) đã dùng phương pháp này so sánh với các phương pháp miễn dịch marker, di truyền và phân tích gen ADN để xếp loại dòng tế bào ung thư máu theo FAB thì thu được các kết quả hoàn toàn phù hợp [34]. Ngoài ra kỹ thuật đo màu trực tiếp trên kính hiển vi
(Microdensitometry) cũng là một hướng nghiên cứu có rất nhiều triển vọng.