Thu nợ ngắn hạn của Ngân hàng trong 3 năm qua cũng gặt hái được nhiều thành quả tích cực, doanh số thu nợ năm sau luôn tăng cao hơn năm trước. Năm 2005 so với năm 2004, mặc dù doanh số cho vay đã giảm 11,6% nhưng thu nợ lại tăng 42,4% tương ứng với 5.417 triệu đồng.
Nguyên nhân một mặt là do dự nợ của năm 2004 cao, mặt khác nhìn ở một góc độ lạc quan hơn về nền kinh tế của tỉnh, năm này do giá vật tư tăng cùng với hạn hán, nắng nóng kéo dài, bão lụt lở đất,…. làm giá thành sản phẩm tăng. Nhưng với sự điều chỉnh kịp thời của ban lãnh đạo tỉnh và sự nỗ lực của các ngành các cấp chính quyền và nhân dân, tăng trưởng kinh tế vẫn đạt tốc độ tăng khá cao 9,9% so với năm 2004. Cho thấy bên cạnh khó khăn vẫn còn không ít các cơ hội để các tổ chức kinh tế mở rộng đầu tư, và thực tế các hộ vay SXKD tại Ngân hàng Mỹ Xuyên cũng đã đạt được những thắng lợi trong hoạt động kinh doanh đảm bảo khả năng hoàn trả nợ đúng hạn cho Ngân hàng.
Sang năm 2006 doanh số thu nợ ngắn hạn lại tiếp tục tăng 6.932 triệu đồng, đây là kết quả hiển nhiên vì năm này kinh tế của tỉnh tiếp tục tăng trưởng khá mạnh các đơn vị kinh tế đẩy nhanh tốc độ phát triển để chuẩn bị bước vào giai đoạn hội nhập.
Ngoài ra còn do Ngân hàng đang chuyển dịch dần sang hướng đa dạng hóa khách hàng, từng bước lựa chọn khách hàng, tập trung cho vay những doanh nghiệp vừa và nhỏ, vì các doanh nghiệp này đa phần cần nguồn vốn trung hạn. Những năm qua nền kinh tế của cả nước cũng như của địa phương tiếp tục tăng trưởng nên nhu cầu về nguồn vốn đầu tư cho các hoạt động sản xuất cũng ngày một cao, và Ngân hàng Mỹ Xuyên cũng đã chủ động được nguồn vốn, nên đã đẩy mạnh việc cho vay đối với các đơn vị kinh tế này, kết quả là cho doanh số cho vay trung hạn gia tăng kéo theo doanh số thu nợ cũng gia tăng đáng kể.
Nếu xét về tỷ trọng doanh số thu nợ, ta thấy rằng tỷ trọng thu nợ trung hạn giảm qua các năm, mặc dù doanh số cho vay tăng. Đây cũng là điều đương nhiên vì doanh số cho vay trung hạn có đặc điểm là thời gian luân chuyển dài hơn so với doanh số cho vay ngắn hạn. Còn tỷ trọng thu nợ ngắn hạn tăng theo từng năm, điều này một phần là do các khoảng cho vay ngắn hạn có thời gian thu hồi vốn ngắn, mặt khác do ý thức trả nợ của các hộ vay cao, cùng với sự thuận lợi trong hoạt động kinh doanh đã giúp các đối tượng vay hoàn trả được vốn và lãi vay đúng hạn cho Ngân hàng.