Việc hoàn thuế GTGT là việc cơ quan thuế trả lại số tiền thuế doanh nghiệp đã nộp trước đó. Chính vì vậy để nguồn NSNN trả lại đúng chỗ thì các đối tượng được xét hoàn thuếđều phải lập hồ sơ xin hoàn thuế. Hồ sơ xin hoàn thuếđược quy định như sau:
- Hồ sơ xin hoàn thuế GTGT đối với trường hợp 1, 2gồm:
+ Công văn đề nghị hoàn thuế GTGT nêu rõ lý do hoàn thuế, số thuếđề nghị hoàn, thời gian hoàn.
+Trường hợp hoàn thuế theo quy định tại điểm 1b thì trong công văn đề nghị hoàn thuế phải ghi rõ:
Số, ngày tờ khai xuất khẩu của hàng xuất khẩu.
Số, ngày hợp đồng xuất khẩu hoặc số hợp đồng uỷ thác xuất khẩu đối với trường hợp uỷ thác xuất khẩu.
Số, ngày chứng từ thanh toán tiền hàng xuất khẩu, dịch vụ xuất khẩu, ghi rõ hình thức và đồng tiền thanh toán.
Số, ngày biên bản thanh lý hợp đồng uỷ thác, biên bản uỷ thác và biên bản nhận uỷ thác, số lượng, giá trị chủng loại hàng hoá nhận uỷ thác xuất khẩu, số ngày tờ khai xuất khẩu.
+ Bảng kê khai tổng hợp số thuế phát sinh đầu ra, số thuếđầu vào được khấu trừ, số thuếđã nộp (nếu có), số thuếđầu vào lớn hơn số thuế đầu ra đề nghị hoàn lại.
+ Bảng kê hàng hoá, dịch vụ mua vào, bán ra trong kỳ liên quan đến việc xác định thuế GTGT đầu vào, đầu ra. Trường hợp việc kê khai thuế hàng tháng đã đầy đủ và chính xác, phù hợp với bảng kê khai tổng hợp, cơ sở không phải nộp bảng kê khai hàng hoá, dịch vụ mua vào, bán ra các tháng đề nghị hoàn thuế. Trường hợp có điều chỉnh thuế GTGT đầu vào được khấu
kê khai thuế GTGT đầu vào được khấu trừ thuế GTGT đầu ra, phát sinh từng tháng trong thời gian hoàn thuế số thuếđiều chỉnh phải giải trình rõ lý do. - Hồ sơđối với cơ sở kinh doanh khi sát nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể, phá
sản có thuế GTGT nộp thừa:
+ Công văn đề nghị hoàn thuế GTGT nộp thừa vào ngân sách nhà nước. + Quyết định sát nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể, phá sản của cấp có thẩm quyền.
+ Quyết toán thuế GTGT đến thời điểm sát nhập, giải thể.
- Hồ sơ xin hoàn thuếđối với trường hợp nêu tại mục 5 bao gồm các hồ sơ quy định tại điểm 1 trên đây (đối với các chủ dự án đầu tư được hoàn thuế thì bảng kê khai chỉ tổng hợp thuế đầu vào được hoàn và gửi bảng kê hàng hoá, dịch vụ mua vào) và gửi bổ sung cho cơ quan thuế (gửi lần đầu).
+ Quyết định đầu tư của cơ quan có thẩm quyền (bản sao có xác nhận của cơ sở).
+ Xác nhận bằng văn bản của cơ quan có thẩm quyền về dự án sử dụng nguồn vốn ODA không hoàn lại (hoặc sử dụng nguồn vốn ODA thuộc diện được NSNN đầu tư không hoàn trả). Thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT (bản sao có xác nhận của cơ sở).
Trường hợp hoàn thuế cho nhà thầu chính, nhà thầu chính phải gửi hồ sơ bổ sung thêm (lần đầu) văn bản xác nhận của chủ dự án do trong giá thanh toán theo kết quả thầu không có thuế GTGT đề nghị hoàn thuế cho nhà thầu chính.
- Hồ sơ hoàn thuế đối với trường hợp 6: Bao gồm các hồ sơ quy định tại trường hợp 1 (trong đó gửi bảng kê tổng hợp thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và bảng kê hàng hoá, dịch vụ mua vào) và gửi kèm theo:
Bản sao quyết định phê duyệt các khoản viện trợ của cấp có thẩm quyền để được hoàn thuế, trước hết doanh nghiệp phải thể hiện rõ ý chí về quyền hạn thuế của mình bằng văn bản phải có đơn, công văn xin hoàn thuế.
Thứ hai, doanh nghiệp phải có nghĩa vụ chứng minh hội đủ các điều kiện hoàn thuế bằng việc cung cấp các bằng chứng, tài liệu cần thiết như: Bảng kê khai tổng hợp số thuế phát sinh đầu ra, số thuế đầu vào, bảng kê khai hàng hoá, dịch vụ mua vào, bán ra trong kỳ liên quan tới việc xác định thuế GTGT đầu ra, đầu vào... nghĩa vụ chứng minh này phải gắn liền với trách nhiệm kê khai đúng, trung thực và chịu trách nhiệm trước pháp luật về số thuế phải kê khai. Nếu doanh nghiệp không chứng minh được và không thực hiện đúng trách nhiệm kê khai đúng, trung thực và chịu trách nhiệm trước pháp luật về số liệu kê khai thì coi như doanh nghiệp không hội đủ các điều kiện hoàn thuế. Trong trường hợp này cơ quan thuế có quyền không ra quyết định hoàn thuế. Điều này đồng nghĩa với việc quyền đòi lại thuế GTGT của doanh nghiệp đã không được thực hiện trên thực tế. Bởi việc ra quyết đinh hoàn thuế của cơ quan thuế là một sự kiện pháp lý làm phát sinh quan hệ hoàn thuế của Nhà Nước với doanh nghiệp khi phù hợp với những điều kiện đã ghi trong qui phạm pháp luật thuế nhằm xác nhận quyền hoàn thuế của doanh nghiệp đã bắt đầu thực hiện.