Basel III là chuẩn mực mà bất kỳ quốc gia nào có hoạt động của hệ thống TCTD đều luôn mong muốn và theo đuổi. Tuy nhiên dù mang lại khá nhiều lợi ích, Basel III vẫn không tránh khỏi gây ra một số trở ngại nhất định cho nền kinh tế cũng như cho hệ thống NH các nước, đặc biệt là đối với những nước có nền kinh tế mới nổi như ở Việt Nam.
Thứ nhất, áp dụng Basel III sẽ siết chặt nguồn vốn mà các NH có thể cho các doanh nghiệp nhỏ vay phục vụ đầu tƣ sản xuất. Bởi với những quy định khắt khe về đảm bảo an toàn thanh khoản và an toàn vốn tối thiểu của Basel III khiến cho chí vay tăng lên, buộc các NH hạn chế việc cho vay cá nhân và doanh nghiệp nhỏ - nơi có rủi ro lớn hơn mà lợi nhuận lại thấp. Thay vào đó các NH sẽ tập trung vào các khoản cho vay đem lại lợi nhuận cao và bền vững mà rủi ro thấp, cho vay các doanh nghiệp lớn và có uy tín. Điều này đã vô tình đẩy các doanh nghiệp nhỏ vào thế khó khăn trong việc xoay xở tìm nguồn vốn mới thay thế.
Thứ hai, khi áp dụng những chuẩn mực mới sẽ làm tăng áp lực cạnh tranh từ các NH nƣớc ngoài tại Việt Nam có trình độ quản lý, công nghệ và cơ sở dữ liệu phát triển do các ngân hàng này có tiềm lực tài chính vững mạnh và có đủ điều kiện đáp ứng mọi tiêu chuẩn của thông lệ quốc tế. Trước xu thế hội nhập sâu, nhất là sau khi Việt Nam đã là thành viên của WTO, việc các NH nước ngoài đầu tư vào Việt Nam là điều không thể tránh khỏi. Do đó để có thể tồn tại, các NH trong nước buộc phải liên kết và cải tổ toàn diện nhằm tăng khả năng cạnh tranh.