Theo quy định của Luật Công ty và Luật Doanh nghiệp tư nhân 1990, ngoài các giấy phép thành lập và đăng ký kinh doanh, nếu muốn kinh doanh doanh nghiệp còn phải xin các loại giấy khác như: giấy phép kinh doanh, giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh, chứng chỉ hành nghề do các Bộ, ngành, hoặc các Sở thuộc tỉnh, thành phố cấp (khoảng gần 400 giấy phép con) [30]. Những giấy phép này đã gây ra rất nhiều phiền hà cho doanh nghiệp và giảm khả năng phát huy nội lực.
Những quy định về thủ tục thành lập doanh nghiệp của Luật Doanh nghiệp đã xoá bỏ được những phiền hà trong đăng ký hành nghề của doanh nghiệp. Để triển khai thực hiện Luật Doanh nghiệp, Chính phủ đã ban hành nhiều văn bản hướng dẫn như Nghị định số 02/2000/NĐ-CP4, Nghị định số 03/2000/NĐ-CP5, Quyết định số 19/2000/QĐ-TTg ngày 3-2-2000 bãi bỏ 84 giấy phép trái với Luật Doanh nghiệp, và một số văn bản khác. Trong Nghị định 109/2004/NĐ-CP của Chính phủ (thay thế Nghị định số 02/2000/NĐ-CP ngày 3-2-2000) về đăng ký kinh doanh đã đảm bảo hơn nữa sự thuận tiện
4Ngày 02/04/2004, Chính phủ đã ban hành Nghị định 109/2004/NĐ-CP về đăng ký kinh doanh để thay thế Nghị định số 02/2000/NĐ-CP ngày 03/02/2000.
trong đăng ký kinh doanh bằng các quy định về nhiệm vụ, quyền hạn, tổ chức bộ máy của cơ quan đăng ký kinh doanh; trình tự thủ tục đăng ký kinh doanh; đăng ký thành lập chi nhánh, văn phòng đại diện; đăng ký bổ sung, thay đổi ngành nghề kinh doanh; đăng ký thay đổi địa chỉ trụ sở chính của doanh nghiệp đối với các doanh nghiệp hoạt động theo Luật Doanh nghiệp và hộ kinh doanh cá thể. Đồng thời, Nghị định này cũng ghi rõ là cấm các Bộ, ngành hoặc địa phương đặt ra thêm quy định về điều kiện kinh doanh áp dụng riêng cho ngành hoặc địa phương mình. Bên cạnh đó, Nghị định còn bổ sung quyền khiếu nại của DN tại Điều 21: “Sau thời hạn bảy ngày, kể từ ngày gửi thông báo bổ sung thay đổi nội dung đăng ký kinh doanh quy định tại các Điều 15, 16, 17, 18, 19 và 20 của Nghị định này đến Phòng đăng ký kinh doanh cấp tỉnh, mà DN không được đăng ký bổ sung, thay đổi nội dung đăng ký kinh doanh như quy định, thì có quyền khiếu nại theo quy định tại khoản 5 Điều 13 của Nghị định này”.
Đây thực sự là một bước tiến lớn trong cải cách hành chính Nhà nước theo hướng bảo vệ tốt nhất quyền lợi hợp pháp cho DN, các trình tự thủ tục theo quy định của Luật Doanh nghiệp và các Nghị định hướng dẫn thi hành của nó đã thể hiện tinh thần đơn giản hoá các thủ tục, giảm thiểu cơ chế xin – cho, giúp doanh nghiệp tiết kiệm chi phí chạy xin giấy phép và chủ động trong hoạt động.