Với sự phát triển khơng ngừng của ĐTNT về số lượng, hình thức và quy mơ hoạt động trong khi số lượng nhân sự và các nguồn lực khác của cơ quan thuế khơng thể phát triển tương ứng. Từ đĩ địi hỏi cơ quan thuế phải đổi mới cơ chế quản lý từ cơ chế quản lý thuế chuyên quản sang cơ chế tự khai tự nộp[17].
Quản lý thuế theo cơ chế tự kê khai, tự nộp thuế là phương thức quản lý thu thuế tiên tiến, hiện đại đang được hầu hết các nước trên thế giới áp dụng. Theo cơ chế
này thì các tổ chức, cá nhận nộp thuế căn cứ vào kết quả sản xuất kinh doanh trong kỳ kê khai của mình và căn cứ vào các quy định của pháp luật về nghĩa vụ thuế tự tính ra số thuế phải nộp ngân sách Nhà nước, từ đĩ tự kê khai và tự thực hiện nghĩa vụ nộp số thuế đã kê khai vào ngân sách nhà nước theo đúng thời hạn qui định của pháp luật. Tổ chức, cá nhân nộp thuế chịu trách nhiệm về kết quả của việc tính thuế, kê khai thuế của mình trước pháp luật.
Để hỗ trợ các tổ chức, cá nhận nộp thuế hiểu và nắm vững các quy định của pháp luật thuế từ đĩ thực hiện tốt nghĩa vụ kê khai nộp thuế, cơ quan thuế phải tăng cường cơng tác tuyên truyền, phổ biến và giải đáp các vướng mắc về chính sách chế độ thuế mà các tổ chức, cá nhân nộp thuế thường gặp phải trong quá trình kê khai nộp thuế.
Cơ quan thuế khơng can thiệp vào quá trình kê khai, nộp thuế của tổ chức, cá nhân kinh doanh, nhưng cơ quan thuế sẽ tiến hành thanh tra, kiểm tra và áp dụng các biện pháp xử phạt, cưỡng chế theo luật định đối với những trường hợp cĩ hành vi vi phạm pháp luật về thuế như khơng kê khai, khơng nộp thuế, trốn thuế, gian lậu về thuế... Thanh kiểm tra thuế là chức năng quan trọng nhất trong cơng tác quản lý thuế theo cơ chế tự khai tự nộp.