Trong tiến hành thẩm định, cán bộ thẩm định cần tuân thủ các nguyên tắc như: nguyên tắc giá trị thời gian của tiền, các nguyên tắc trong xác định dòng tiền
của dự án, sự phù hợp giữa dòng tiền và lãi suất chiết khấu. Cụ thể, cán bộ thẩm định cần luôn chú ý tiền có giá trị theo thời gian, một đồng ngày hôm nay có giá trị hơn một đồng ngày mai. Do đó, khi tính toán các chỉ tiêu cần sử dụng dòng tiền đã được hiện tại hóa về thời điểm hiện tại. Khi xác định dòng tiền và lãi suất chiết khấu, cán bộ thẩm định cần chú ý đên sự phù hợp trong cách tính của hai yếu tố này. Nếu dòng tiền được xác định theo quan điểm vốn chủ sở hữu, lãi suất chiết khấu được sử dụng trong tính toán các chỉ tiêu tương ứng phải là chi phí vốn chủ sở hữu. Trong khi đó, nếu dòng tiền của dự án được xác định theo quan điểm chủ vốn đầu tư, tỷ suất chiết khấu phải là chi phí vốn bình quân gia quyền… Nếu nhân tố tiết kiệm thuế nhờ lãi vay được đưa vào chi phí lãi vay trong việc tính toán dòng tiền của dự án thì khi tính lãi suất chiết khấu cũng cần tính đến nhân tố này. Cần chú ý việc xác định dòng tiền đúng theo nguyên tắc, có tính đến chi phí cơ hội và bỏ qua chi phí chìm.
Thẩm định tài chính dự án đầu tư là một khâu phức tạp nhưng có ý nghĩa quyết định đến kết quả thẩm định dự án. Do đó, khi thực hiện thẩm định cần đặc biệt chú ý, các chỉ tiêu cần được xem xét kỹ lưỡng và sử dụng các thông số đầu vào một cách hợp lý.
- Trong việc tính dòng tiền của dự án, việc dự tính doanh thu và các loại chi phí là rất quan trọng. Để xác định dòng tiền một cách chính xác cần có phương pháp ước lượng doanh thu, chi phí tốt. Đối với các dự án mở rộng sản xuất kinh doanh, việc xác định doanh thu, chi phí hoạt động của dự án trong những năm về sau đã được tính toán căn cứ trên kết quả hoạt động từ quá khứ. Tuy nhiên, việc dự tính cần phải tính đến những tác động của thay đổi môi trường kinh doanh, mức giá cả của thị trường. Những yếu tố này có thể tác động khá nhiều đến chi phí đầu vào cũng như giá bán sản phẩm. Đối với những dự án đầu tư sản xuất mới, doanh nghiệp chưa có kết quả kinh doanh trong quá khứ để làm căn cứ dự toán, do đó cán bộ thẩm định cần xem xét dựa trên hoạt động của các đơn vị đã từng hoạt động trong ngành, lĩnh vực đó. Đồng thời, khi tiến hành dự tính doanh thu, chi phí
dựa trên kết quả hoạt động của các doanh nghiệp khác cần có sự đối chiếu và điều chỉnh sao cho phù hợp với đặc tính riêng của doanh nghiệp đang thực hiện dự án.
- Quá trình xác định chi phí của dự án cần được tham khảo then những quy định của Bộ tài chính và các cơ quan hữu quan. Trong các chi phí của dự án, việc xem xét chi phí khấu hao cần được xem xét đối chiếu với những văn bản quản lý kinh tế mới nhất của Nhà nước để đảm bảo tính hợp lý, hợp pháp, chính xác trong tính toán. Mức khấu hao cần được xem xét có phù hợp hay không với từng lĩnh vực hoạt động của dự án, lĩnh vực hoạt động của doanh nghiệp, tránh tình trạng doanh nghiệp áp dụng mức khấu hao nhanh để tránh nghĩa vụ nộp thuế. Mặt khác, khấu hao là một nguồn trả nợ của dự án, do đó cần xem xét tính phù hợp của mức khấu hao và mức độ tiêu thụ sản phẩm của dự án. Nếu khấu hao được khuếch đại một cách thiếu hợp lý thì nguồn trả nợ của dự án cũng vì thế mà không đáng tin cây.
- Tính toán và áp dụng tỷ suất chiết khấu
Theo lý thuyết giá trị thời gian của tiền, một khoản tiền tại thời điểm hiện tại sẽ được coi là có giá trị hơn khoản tiền tương tự trong tương lai. Do vậy cẩn chiết khấu các chi phí và lợi ích của dự án về thời điểm hiện tại để đánh giá. Vấn đề là sử dụng tỷ lệ chiết khấu nào là phù hợp để đánh giá hiệu quả dự án.
Trong thẩm định hiệu quả tài chính dự án nói chung, tỷ suất chiết khấu thường được sử dụng là lãi suất tiền gửi hoặc các khoản vay hoặc tỷ suất do cơ quan thẩm định hoặc cơ quan tài trợ cho vay quy định. Song để thẩm định hiệu quả tài chính một cách khách quan cần lựa chọn sử dụng tỷ suất thích hợp.
Thông thường, một dự án sẽ được tài trợ bởi nhiều nguồn vốn khác nhau, do đó, một cách phù hợp nhất, lãi suất chiết khấu phải là bình quân các chi phí huy động từ các nguồn tài trợ dự án. Để xác định được con số này, cán bộ thẩm định cần xem xét xác định các chi phí huy động thành phần (chi phí nợ vay, chi phí vốn chủ sở hữu, chi phí thuê tài sản…) và cơ cấu của chúng.