Vi khuẩn cổ ( Archaea ) là một phân nhóm lớn trong sinh vật nhân sơ (prokaryote, cùng vi khuẩn). Archeae là một phân ngành chính của những sinh vật sống, mặc dù chưa có sự chắc chắn nào về sự hình thành loài. Archeae (vi khuẩn cổ), Eukaryote (sinh vật nhân chuẩn) và Bacteria (vi khuẩn) là những phân nhóm cơ bản, trong cái được gọi là hệ thống 3 ngành chính. Về vị trí phân loại của những sinh vật này có nhiều điểm chưa thống nhất vì chúng có những đặc điểm giống với vi khuẩn nhưng cũng mang nhiều đặc điểm của
Giống như vi khuẩn, vi khuẩn cổ là những sinh vật đơn bào thiếu nhân (nuclei), do đó chúng là sinh vật nhân sơ, được phân loại là thuộc về giới Monera trong các phân loại truy ền thống 5 giới. Tuy nhiên, vi khuẩn cổ và sinh vật nhân chuẩn lại có quan hệ họ hàng gần gũi với nhau hơn là so với vi khuẩn thật sự (eubacteria), và chúng được nhóm cùng nhau trong nhánh Neomura, được cho là đã phát sinh từ các vi khuẩn gam dương. Ban đầu người ta tìm thấy chúng ở nhưng môi trường sống khắc nghi ệt, nhưng sau này người ta tìm thấy chúng ở hầu hết những m ọi môi trường sống.
Lịch sử Chúng được Carl Woese và George E. Fox nhận dạng năm 1977, dựa trên sự tách chúng ra khỏi các sinh vật nhân sơ khác trên các cây phát sinh loà 16S rARN. Hai nhóm này ban đầu được đặt tên là Archaebacteria (vi khuẩn cổ) và Eubacteria (vi khuẩn thật sự), được coi là các gi ới hay phân giới. Woese cho rằng chúng đại diện cho các nhánh khác biệt nền tảng của sự sống. Ông sau đó đã đổi tên các nhóm đó thành Archaea và Bacteria để nhấn mạnh điều đó, và cho rằng cùng với Eukarya chúng tạo thành ba vực của sự sống.
Nguồn gốc và tiến hóa ban đầu
Thuật ngữ sinh học Archaea không nên nhầm lẫn với thuật ngữ địa chất học Archean (đại Archeozoic hay liên đại Thái cổ). Thuật ngữ sau được dùng đẻ chỉ tới thời kỳ nguyên thủy của l ịch sử Trái Đất khi Archaea và Bacteria là những sinh vật duy nhất sống trên hành tinh này. Các hóa thạch có thể là của những vi sinh vật này đã được xác định niên đại tới khoảng 3,8 tỷ năm trước (3.800 Ma). Các dấu tích của chúng được tìm thấy trong trầm tích ở mi ền tây Greenland, trầm tích cổ