7 Cao Bằng CB Bảo Lạc – Cao Bằng
2.2.2.4.Đánh giá đa dạng di truyền quần thể cá Bỗng
Đa dạng di truyền của các quần thể cá Bỗng được tính bằng:
Tổng số haplotype (k): Haplotype là một biến thể thứ tự duy nhất của một gen tại cùng một locus trong bộ gen. Các trình tự gen có cùng số điểm đột biến lập thành một haplotype. Các haplotype khác nhau bởi một điểm đột biến.
Đa dạng haplotype (h): Xác suất hai lựa chọn ngẫu nhiên các haplotype trong một mẫu là khác nhau (tương đương với dị hợp tử được mong đợi)
Trong đó: h là đa dạng haplotype, n là số lượng haplotype trong một mẫu, p là tần số của từng haplotype trong mẫu.
Đa dạng nucleotide (Π): là số lượng trung bình của các vị trí nucleotide khác nhau giữa hai chuỗi nucleotide được rút ra ngẫu nhiên từ một mẫu.
Công thức: Π = 1 i j ij n X X n π − ÷ ∑
Trong đó: xi, xj là tần số của các alen i và j; πij là tần suất sai khác giữa alen i và j, n là chiều dài của chuỗi nucleotide.
Số đột biến (η): Xác suất mà bất kỳ một vị trí xảy ra đột biến. Xác suất đột biến = Số đột biến/ Tổng số nucleotide trong chuỗi (trong một thế hệ). Tổng số đột biến trong cả chiều dài của chuỗi nucleotide
η = Xác suất đột biến x (Tổng số nucleotide – Số nucleotide đã bị đột biến). Các số liệu được xử lý bằng phần mềm DNAsp5 [56].
Phương pháp phân tích cây tiến hóa.
Phân tích đa dạng di truyền của cá Bỗng được tiến hành dựa trên 3 thuật toán Maximum parsimony (MP), Neighbor joining (NJ) và Maximum likelihood (ML), các phương pháp được phân tích bằng các phần mềm MEGA 6.0 [47]. Giá trị bootstrap (BT) được tính toán để xác định tính chính xác của thuật toán MP, ML và NJ với độ lặp lại 1.000.