Các kỹ thuật sinh học phân tử như SSR (Simple Sequence Repeats), RFLP (Restriction Fragment length Polymophism), STS (Sequence-Tagged Sites) đã làm cơ sở cho việc phân lập các hệ gen kháng rầy nâu. Có đến 18 gen kháng rầy nâu đã được phát hiện như: bph1, bph2, bph9, bph10, bph18, bph12, bph15, bph17, ph20 và bph21,v.v. đã được xác định với các chỉ thị liên kết (Murai H và cs., 2003) (Yang và cs., 2004). Trong đó dấu STS tỏ ra hữu hiệu trong việc xác định gen kháng rầy trên lúa, đặc biệt là gen bph-10, gen kháng quần thể rầy nâu loại hình sinh học 2 và 3 (Nguyễn Thị Lang ctv., 2006). Lê Thị Thu Trang đã sử dụng Primer RG457FL/RL liên kết với gen kháng rầy nâu bph10 kháng với loại hình biotype 2 và biotype3 đã nhận dạng được 6 giống mang gen kháng rầy trong đó 3 giống mang gen dị hợp tử kháng là Nếp mùa Hòa Bình, Nếp voi Hòa Bình, Gié đỏ Vĩnh Phúc và 3 giống lúa mang kiểu gen đồng hợp kháng: Mố vằn Tuyên Quang, Câu Ninh Bình, Nếp vàng ong Hòa Bình. Các giống lúa này có biểu hiện kiểu hình kháng rầy nâu ở mức trung bình trở lên.
Chuỗi trình tự RG457 (RFLP maker) đã được thiết kế thành TST maker là primer RG457FL/RL và RG457FL/RB cho phép phân biệt dòng dị hợp tử với các dòng đồng hợp tử. Vì vậy, chúng được sử dụng để xây dụng một bảng đồ quần thể F2 của tổ hợp lai R31917 / IR54742. Marker này có giá trị liên kết với gen kháng bph-10 là 1,7 cM (Nguyễn Thị Lang, 2005).
Yadavalli (2012) sử dụng primer OPC07 đã sàng lọc được kiểu gen kháng bpH từ các cá thể F2-3 của tổ hợp lai IR50 × pTb33. Các cá thể mang gen kháng bpH có xuất hiện băng tại vị trí 697 bp, các cá thể không kháng PBH có xuất hiện băng 846 bp.
Đối với rầy nâu, việc dùng chỉ thị trên cơ sở kỹ thuật PCR, để lập bản đồ gen rất phức tạp và khó khăn. Ishii và ctv. (1994) đã thiết lập bản đồì RFLP và xác định gen bph-10 kháng biotype 2 và 3, định vị trên nhiễm sắc thể 12 liên kết với RG457. Cặp primer được thiết kế từ RG457 (chỉ thị STS) đã phát hiện được gen kháng rầy
15
nâu bph-10 với khoảng cách di truyền 1.7 cM trên quần thể lúa hoang Oryza australiensis và những dòng con lai có xuất xứ từ loài lúa hoang này (Lang và ctv., 1999).