Hiện nay, công tác thanh tra, kiểm tra tại các trường đại học công lập tự chủ tài chính trên địa bàn thành phố Hà Nội trực thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo được thực hiện thường xuyên và đột xuất cụ thể như sau :
- Kiểm tra, thanh tra thường xuyên :
+ Tại các trường đại học công lập tự chủ tài chính đều có thành lập ban thanh tra nhân dân có nhiệm vụ thanh tra kiểm tra tất cả các mảng hoạt động của nhà trường trong đó có thanh tra kiểm tra nội bộ định kỳ về tài chính.
+ Hàng ngày, kho bạc nhà nước là nơi kiểm soát tất cả các hoạt động thu chi tài chính có nguồn gốc NSNN của các trường thông qua quy chế chi tiêu nội bộ của các trường.
+ Định kỳ hàng năm các bộ, ngành trực tiếp kiểm tra và thẩm định phê duyệt quyết toán hàng năm cho các trường. Đặc biệt, nhà nước đã quy định thực hiện công khai tài chính, công khai phân bổ và sử dụng NSNN hàng năm. Điều này không chỉ giúp các trường tự kiểm tra, thanh tra mà còn thực hiện tốt quy chế công khai dân chủ trong trường học, giúp cho người học kiểm tra và đánh giá về hoạt động thu chi tài chính của nhà trường.
- Kiểm tra, thanh tra đột xuất: Ngoài các hoạt động kiểm tra, thanh tra thường xuyên được thực hiện như trên, công tác kiểm tra, thanh tra đối với quản lý tài chính các trường còn có các đoàn thanh tra đột xuất như: Kiểm toán Nhà nước, Thanh tra Bộ Tài chính và thanh tra của các đơn vị quản lý trực tiếp.
Nhìn chung công tác thanh tra, kiểm tra các hoạt động tài chính của các trường được nhà nước quan tâm và thực hiện thường xuyên nhằm hướng các hoạt động tài chính của nhà trường thực hiện theo quy định và làm lành mạnh hoá hoạt động tài chính của các trường.
2.3.6. Tổ chức bộ máy quản lý tài chính:
Hiện nay các trường đại học công lập tự chủ tài chính trên địa bàn thành phố Hà Nội thực hiện tổ chức bộ máy quản lý tài chính theo hướng tinh giản, gọn nhẹ và hoạt động hiệu quả. Các trường thường xuyên bồi dưỡng nâng cao trình độ chuyên môn, nghiệp vụ, cập nhật kiến thức mới cho cán bộ làm công tác quản lý tài chính không những giỏi về chuyên môn mà còn thành thạo về tin học để khai thác có hiệu quả hệ thống máy móc thiết bị nhằm nâng cao hiệu quả công tác quản lý tài chính. Tại các trường đại học đã tiến hành đầu tư nâng cấp hệ thống máy tính cho bộ máy kế toán và đầu tư xây dựng phần mềm kế toán áp dụng thống nhất trong toàn trường.