Mô hình tổ chức của các trường Đại học công lập gồm 3 cấp hành chính, ngoại trừ 2 trường đại học Quốc gia (Đại học Quốc gia Hà Nội và Đại học Quốc gia thành phố Hồ Chí Minh) đóng vai trò đơn vị cấp 1, còn lại đơn vị cấp 1 của các trường là Bộ chủ quản. Mô hình tổ chức gồm 3 cấp hành chính của các trường đại học công lập được cơ cấu như sau:
- Cấp 1: Các Bộ, Đại học Quốc gia là đơn vị cấp 1, là nơi lập kế hoạch chiến lược, ra các quyết định và ban hành các văn bản, hướng dẫn và tổ chức thực hiện, là nơi thực hiện quản lý ở tầm vĩ mô, quyết định các kế hoạch về đào tạo và nghiên cứu khoa học, về nhân lực, về phân bổ tài chính, quản lý văn bằng; thực hiện những nhiệm vụ chung hoặc nhiệm vụ cần có sự phối hợp của nhiều ngành, nhiều trường. Đặc điểm hành chính: là cấp có con dấu (quốc huy) và tài khoản tại kho bạc nhà nước, là đầu mối NSNN và đầu mối về đào tạo, nghiên cứu khoa học và các lĩnh vực khác; có quyền tự chủ rất cao về nhân sự, đào tạo và tài chính.
- Cấp 2: Đơn vị cấp 2 của các Bộ là các trường đại học trực thuộc. Đơn vị cấp 2 của Đại học Quốc gia gồm các đơn vị thành viên (các trường đại học, Viện nghiên cứu) và các đơn vị trực thuộc (các ban, khoa; trung tâm nghiên cứu, đào tạo; Trung tâm phục vụ, dịch vụ….). Đơn vị cấp 2 là nơi xây dựng kế hoạch thực hiện các nhiệm vụ được giao, điều phối, kiểm tra, đôn đốc, tổ
chức thực hiện các nhiệm vụ cụ thể thuộc phạm vi, chức năng của mình. Đặc điểm hành chính: Có con dấu và tài khoản tại ngân hàng, kho bạc.
- Cấp 3: Đơn vị cấp 3 gồm các đơn vị trực thuộc cấp 2, gồm: các khoa, phòng chức năng, trung tâm và bộ phận phục vụ trực thuộc trường. Đơn vị cấp 3 là nơi thi hành và tổ chức thực hiện các nhiệm vụ cụ thể. Đặc điểm hành chính: các đơn vị trực thuộc không có con dấu và tài khoản.