Tuy nhiên bên cạnh đó còn tồn tại những khó khăn hạn chế như:
- Hệ thống văn bản hướng dẫn còn thiếu đồng bộ, thiếu hướng dẫn cụ thể thường xuyên của tỉnh dẫn đến việc tổ chức của cơ sở còn lúng túng.
- Trình độ nghiệp vụ của cán bộ còn chưa cao(1/3 cán bộ địa chính xã chưa có bằng đại học) dẫn đến việc quản lý, sử dụng đất đai còn những vi phạm, việc ngăn chặn xử lý của cơ quan chưa đúng thẩm quyền mà pháp luật quy định.
- Công tác quản lý, sử dụng đất đai ở một số xóm vùng sâu chưa được quản lý chặt chẽ, tình trạng vi phạm pháp luật còn diễn ra nhiều như: lấn chiếm, chuyển mục đích sử dụng trái phép, tranh chấp đất đai.... diễn ra khá lớn và tồn đọng lại từ nhiều năm mà chưa giải quyết dứt điểm được.
- Do nhu cầu chưa có nên việc chủ động đến cơ quan chuyên môn để thực hiện kê khai, đăng ký cấp giấy chúng nhận, việc kê khai đăng ký, cấp giấy chỉ được thực hiện chặn chẽ ở những khu vực có đất mặt đường có giá trị cao.
- Việc chuyển nhượng quyền sử dụng đất của nhân dân không làm đăng ký cũng gây trở ngại, khó khăn trong công tác quản lý.
- Hệ thống bản đồ đã cũ và chỉnh lý nhiều nên gặp nhiều khó khăn
trong quá trình tra cứu phục vụ cho cấp GCNQSDĐ.
- Do trước đây người dân mua bán chuyển nhượng không qua chính quyền nên không đầy đủ giấy tờ hợp lệ để cấp GCNQSDĐ.
- Ruộng đất manh mún, nhỏ lẻ, nguồn gốc đất không rõ ràng.
- Chỉ giới đất đai giữa các hộ gia đình và các thửa đất giáp ranh chưa
được xác định rõ ràng.
- Thiếu kinh phí thực hiện kê khai đăng ký, thiết lập hồ sơ địa chính và
cấp GCNQSDĐ.
- Thiếu tài liệu để triển khai công việc: đây là nguyên nhân chủ yếu, nó
chủ sử dụng để phục vụ cho công tác lập hồ sơ địa chính chặt chẽ, chính xác và lâu dài.
- Xã Phấn mễ mới đo đạc xong bản đồ địa chính chính quy năm 2009 đã được nghiệm thu bàn giao và đưa vào sử dụng đầu năm 2010; các thửa đất sau khi đo đạc bị chia tách biến động đa dạng, biến động về chủ sử dụng đất nhiều nên phải kiểm tra, xác minh bổ sung thêm nhiều loại giấy tờ liên quan mới hoàn thiện hồ sơ để trình cấp.
- Nhiệm vụ cấp GCNQSDĐ diễn ra rất phức tạp mang tính xã hội, mất
nhiều thời gian, công sức.
- Trình độ chuyên môn nghiệp vụ của cán bộ địa chính còn có phần hạn chế.
Ngoài ra, một số hộ gia đình, cá nhân chưa được cấp GCNQSDĐ là do các nguyên nhân như: Tranh chấp, lấn chiếm đất, chưa hoàn thiện hồ sơ, sử dụng đất sai mục đích, chưa hoàn thành nghĩa vụ tài chính, không phù hợp với quy hoạch, thuộc đất công ích. Trong các nguyên nhân trên thì nguyên nhân khiến các hộ còn lại chưa được cấp giấy chủ yếu là lấn chiếm đất, chưa hoàn thiện hồ sơ.