Trên toàn mạng lưới tuyến có 1197 điểm dừng đỗ và 268 nhà chờ. Như vậy là phần lớn các điểm dừng đỗ chưa có nhà chờ. Tại các điểm dừng đỗ và nhà chờ không cải tạo vỉa hè, không thiết kế dải tiếp cận trạm dừng cho xe buýt, thiếu các trang thiết bị chỉ dẫn an toàn cũng như tính hợp lý trong công tác vận hành.
Hình 8 : Một số mẫu nhà chờ xe buýt tại Hà Nội
Hiện nay toàn mạng lưới có khoảng 306 trạm dừng có mái che phục vụ hành khách với 12 mẫu thiết kế khác nhau, chủ yếu do các đơn vị quảng cáo thiết kế và thi công (258 trạm) vì vậy những chức năng quảng cáo thường được ưu tiên trong khi các chức năng có liên quan đến phục vụ hành khách thì thường chưa được quan tâm đúng mức. Khả năng tăng số lượng trạm dừng có mái che trên mạng lưới nhiều khó khăn do sự phản đối của các gia đình và tổ chức đang sở hữu và sử dụng các công trình mặt tiền đường phố.
Nhiều hệ thống nhà chờ được trang bị đầy đủ bản đồ tuyến xe và miêu tả tuyến xe tuy nhiên thông tin lại chưa được cập nhật chính xác và chi tiết. Hiện nay còn nhiều nhà chờ được xây dựng để quảng cáo là chính, rất nhiều tờ rơi được dán quanh nhà chờ gây mất cảnh quan xung quanh, đôi khi dính đè lên bản đồ gây khó khăn cho việc quan sát thông tin của hành khách.
Một số điểm dừng xe buýt có cự ly gần nhau tuy nhiên lại có những điểm xe buýt có cự ly khá xa nhau gây khó khăn trong việc tiếp cận dịch vụ xe buýt của người dân.
Một trong những cái thiếu trầm trọng nhất hiện nay là điều kiện tiếp cận của người tàn tật đối với phương tiện này tại các điểm dừng đỗ xe buýt. Toàn thành phố có khoảng 11.000 người tàn tật, khuyết tật, người khiếm thị đang sử dụng dịch vụ xe buýt nhưng không một điểm dừng đỗ nào được thiết kế, tổ chức để những đối tượng này dễ dàng tiếp cận với xe buýt.