Kiểm tra hồ sơ hải quan là việc cơ quan hải quan kiểm tra tờ khai hải quan và các chứng từ đi kèm tờ khai hải quan.Việc kiểm tra hồ sơ hải quan được thực hiện nếu tờ khai được phân vào luồng vàng hoặc lãnh đạo chi cục phát hiện có dấu hiệu khả nghi.Nếu kiểm
tra chi tiết hồ sơ thấy phù hợp với khai báo thì Lãnh đạo chi cục hải quan nam định sẽ xem xét miễn thuế còn nếu sai lệch Lãnh đạo chi cục sẽ xem xét hướng quyết định xử lí.
Cụ thể như sau:
- Kiểm tra nội dung khai của người khai hải quan trên tờ khai hải quan; - Kiểm tra các chứng từ đi kèm tờ khai hải quan;
- Đối chiếu nội dung khai hải quan với các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan - Kiểm tra sự phù hợp giữa nội dung khai với quy định hiện hành của pháp luật Trước hết được kiểm tra sơ bộ để thực hiện đăng ký hồ sơ hải quan.Điều này có nghĩa là trước khi đăng ký hồ sơ hải quan,công chức hải quan tiếp nhận hồ sơ kiểm tra sơ bộ nội dung khai của người khai hải quan,kiểm đếm số lượng các chứng từ phải có của bộ hồ sơ.
Sau khi hồ sơ đã được tiếp nhận,đăng ký cơ quan hải quan tiến hành kiểm tra chi tiết bộ hồ sơ hải quan.Cụ thể kiểm tra chi tiết các tiêu chí,các nội dung khai trên tờ khai,tính chính xác và tính phù hợp.Kết thúc kiểm tra chi tiết hồ sơ hải quan,lãnh đạo chi cục quyết định thông quan hoặc quyết định kiểm tra thực tế,quyết định tham vấn giá,quyết định trưng cầu giám định,…