Tỷ lệ chi ngân sách cho giáo dục của Việt Nam tương đối cao, chiếm 20% ngân sách, tương đương 5% GDP tuy nhiên phân cơ cấu chi ngân sách cho giáo dục còn nhiều bất cập, cơ chế giám sát lỏng lẻo.
- Phân bổ ngân sách cho giáo dục chưa hợp lí: Ngân sách dành cho GD&ĐT được phân cấp mạnh theo chiều dọc cho các địa phương và theo chiều ngang cho các Bộ, ngành. Hiện nay, trong tổng chi NSNN cho giáo dục thì ngân sách địa phương trực tiếp quản lý, sử dụng chiếm tỷ trọng khoảng 89%, ngân sách do các Bộ, ngành, T.Ư quản lý, sử dụng là 11%. Thêm vào đó, việc chi ngân sách giữa các cấp bậc là khác nhau: chi cho giáo dục mầm non và giáo dục phổ thông chiếm xấp xỉ 70% tổng chi, chi cho đào tạo đại học trên 12%, giáo dục nghề nghiệp xấp xỉ 10%. Tỷ lệ này ảnh hưởng trực tiếp tới chất lượng đào tạo của khối đại học, dạy nghề
- Thiếu cơ chế giám sát hiệu quả: Trên thực tế, trong khi cơ chế phân bổ ngân sách cho GD&ĐT đang được phân cấp mạnh mẽ, song do thiếu cơ chế quản lý hữu hiệu, dẫn đến hiệu quả sử dụng nguồn lực này chưa hiệu quả. Thực tế qua công tác kiểm toán thời gian qua cũng cho thấy, tình trạng điều chuyển vốn từ chương trình mục tiêu giáo dục, chương trình kiên cố hóa trường lớp... sang chi cho các chương trình khác, tức là sử dụng vốn không đúng mục đích cũng diễn ra tương đối phổ biến. Đặc biệt, nguồn vốn cân đối từ ngân sách địa phương dành cho GD&ĐT hiện đang được thực hiện không thống nhất giữa
các địa phương.
Từ những bất cập trên, chính phủ cần phải tái phân bổ lại ngân sách đầu tư cho giáo dục, xác định rõ vai trò của bộ GD&ĐT trong việc tham gia vào quá trình xây dựng ngân sách định kỳ, quản lý và sử dụng ngân sách dành cho giáo dục ở cả cấp trung ương và địa phương, đảm bảo đầu tư công bằng, hợp lí cho các cấp. Đặc biệt, cần chú ý xây dựng cơ chế giám sát hữu hiệu đối với các nguồn chi cho GD&ĐT.