Bƣớc vào công cuộc đổi mới kinh tế, DNNN Việt Nam đang trong tình trạng hết sức khó khăn, phần lớn các DNNN không thích nghi đƣợc với môi trƣờng kinh tế mới. Đứng trƣớc tình hình đó, việc đƣa ra những chƣơng trình, mục tiêu cải cách DNNN đúng đắn và phù hợp, tạo cho DNNN hội nhập dần vào nền kinh tế có ý nghĩa đặc biệt quan trọng. Theo đó vai trò của DNNN cũng đƣợc nhận thức lại, khu vực DNNN từ chỗ bao trùm toàn bộ nền kinh tế, đã chuyển sang chỉ nắm giữ những ngành, những lĩnh vực then chốt trong nền kinh tế.
Đại hội đại biểu toàn quốc lần thứ VI của Đảng (năm 1986) đã đánh dấu bƣớc ngoặt cơ bản trong quá trình đổi mới kinh tế Việt Nam, trong đó có đổi mới DNNN. Đại hội chỉ rõ “ Phải đổi mới cơ chế quản lý, bảo đảm cho các đơn vị kinh tế quốc doanh có quyền tự chủ, thực sự chuyển sang hạch toán kinh doanh XHCN, lập lại trật tự, kỷ cương trong hoạt động kinh tế. Sắp xếp lại, sản xuất, tăng cường cơ sở vật chất kỹ thuật, đẩy mạnh việc ứng dụng tiến bộ khoa học kỹ thuật để nâng cao năng suất, chất lượng và hiệu quả. Trên cơ sở đó, ổn định và từng bước nâng cao tiền lương thực tế của công nhân, viên chức, tăng tích luỹ cho xí nghiệp và cho Nhà nước”
Đại hội VII năm 1991 cho rằng “mặt yếu kém nhất của toàn bộ khu vực quốc doanh là vẫn duy trì tính không hiệu quả trong hoạt động kinh doanh. Một số doanh nghiệp công nghiệp quốc doanh, đặc biệt là các DN do cấp địa phương quản lý ngập trong khó khăn. Nhiều doanh nghiệp thương mại quốc doanh chịu thua lỗ …”[10,77]. Tuy vậy, sau 5 năm thực hiện cải cách, đến năm 1990 có hơn 4000 DNNN đƣợc sáp nhập và giải thể, làm cho số lƣợng DNNN trong nền kinh tế giảm đi, các khu vực kinh tế khác, trong đó có khu vực kinh tế tƣ nhân đã tham gia vào nền kinh tế để khai thác tiềm lực của đất nƣớc một cách có hiệu quả hơn. Trong thời gian này, tốc độ tăng trƣởng của khu vực DNNN đạt 5,7% năm 1987 và tăng lên 7,6% năm 1988; tỷ trọng giá trị sản lƣợng của khu vực kinh tế quốc doanh trên tổng sản phẩm xã hội tăng từ 33,6 % năm 1987 lên tới 36,3% năm 1990 [32]. Giai đoạn từ năm 1991 – 1996, tiếp tục đƣờng lối đổi mới kinh tế, Đại hội Đảng toàn
quốc lần thứ VII đã chủ trƣơng “Khẩn trương sắp xếp và đổi mới quản lý kinh tế quốc doanh, bảo đảm kinh tế quốc doanh phát triển có hiệu quả, nắm vững những ngành, lĩnh vực then chốt để phát huy vai trò chủ đạo trong nền kinh tế. Tập trung lực lượng củng cố và phát triển những cơ sở có trọng điểm và những cơ sở làm ăn có hiệu quả và có ý nghĩa lớn trong nền kinh tế quốc dân. Nếu như ở giai đoạn trước các giải pháp cải cách DNNN chủ yếu tập trung vào việc thương mại hoá các DNNN thì ở giai đoạn này, cải cách DNNN là các giải pháp cho thuê, sáp nhập, giải thể các DNNN làm ăn thua lỗ kéo dài không có khả năng vươn lên. Sắp xếp lại các tổng công ty, các liên hiệp xí nghiệp cho phù hợp với yêu cầu sản xuất và kinh doanh trong cơ chế thị trường” và “ khu vực quốc doanh phải được sắp xếp lại, đổi mới công nghệ và tổ chức quản lý, kinh doanh có hiệu quả, liên kết và hỗ trợ các thành phần kinh tế khác, thực hiện vai trò chủ đạo và chức năng của một công cụ quản lý vĩ mô của nhà nước” [10, 45]. Đến năm 1996, Đại hội Đảng VIII đã chỉ ra tốc độ cải cách DNNN quá chậm chạp, đặc biệt là các cải cách nhằm cải thiện tính hiệu quả và trách nhiệm giải trình của DN và chƣơng trình cổ phần hoá doanh nghiệp thí điểm ít tiến triển. Đại hội cho rằng yêu cầu của cải thiện tính hiệu quả và minh bạch của các DNNN đang là một vấn đề rất cấp thiết. Trong khi đó quá trình cải cách doanh nghiệp và hành chính diễn ra chậm, mối lo lắng về hiệu quả và sức cạnh tranh thấp của sản xuất trong nƣớc và tác động của khủng hoảng kinh tế châu Á, năm 1997 đã khiến Việt Nam phải đẩy mạnh hơn nữa tiến trình cải cách DNNN. Nghị quyết Trung ƣơng lần thứ tƣ năm 1997, nêu bật yêu cầu thúc đẩy cải cách DNNN là quan trọng thứ 3 trong 6 chƣơng trình ƣu tiên: thúc đẩy chƣơng trình cổ phần hoá; phát triển cơ sở hạ tầng pháp lý để sắp xếp lại (sáp nhập, giải thể, cho thuê hoặc mƣợn theo hợp đồng) các DNNN nhỏ có vốn ít hơn 1 tỷ đồng; hợp nhất các DNNN kinh doanh thành các công ty TNHH hoặc cổ phần theo luật công ty; ban hành các quy định giám sát các doanh nghiệp độc quyền và đƣa ra các quy định bắt buộc kiểm toán và công khai hoá các báo cáo hàng năm. Sang đến những năm đầu thế kỷ 21, nền kinh tế châu Á vừa trải qua cuộc khủng hoảng tài chính tiền tệ và xu hƣớng hội nhập kinh tế quốc tế ngày một hiện hữu . Trƣớc tình trạng đó, DNNN đang đứng trƣớc thách thức gay gắt của yêu của đổi mới, phát triển và chủ động hội nhập kinh tế quốc tế. Hội nghị Trung ƣơng ba và Nghị quyết Trung ƣơng chín khoá IX năm 2002 đã đặt vấn đề cần phải tiếp tục sắp xếp, đổi mới, phát triển và nâng cao hiệu
quả của DNNN. Quan điểm chỉ đạo trong giai đoạn này là kinh tế nhà nƣớc có vai trò quyết định trong việc giữ vững định hƣớng XHCN, ổn định và phát triển kinh tế, chính trị, xã hội của đất nƣớc; điều chỉnh cơ cấu để DNNN có cơ cấu hợp lý, tập trung vào những ngành, lĩnh vực then chốt; đổi mới cơ chế quản lý để DNNN kinh doanh tự chủ, tự chịu trách nhiệm, hợp tác và cạnh tranh bình đẳng với các doanh nghiệp thuộc các thành phần kinh tế khác.
Nhìn chung, trong mỗi giai đoạn của công cuộc đổi mới kinh tế, vấn đề cải cách DNNN đƣợc coi là một trong những vấn đề cơ bản nhất. Cải cách DNNN là con đƣờng phát triển khu vực doanh nghiệp này một cách tích cực và hiệu quả nhất.