Ngày 1/4/1990, hệ thống KBNN trực thuộc Bộ Tài chính được thành lập, được giao nhiệm vụ thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về quỹ NSNN, các quỹ tài chính của Nhà nước, huy động vốn cho NSNN và cho đầu tư phát triển và là đầu mối duy nhất thực hiện nhiệm vụ tổ chức công tác kế toán NSNN. Qua 20 năm, một chặng đường không phải là dài nhưng cũng là quãng thời gian mang mốc son đã được ghi nhận mà hệ thống KBNN đã nỗ lực tạo dựng trong việc hoàn thiện, phát triển chức năng nhiệm vụ của mình nhằm nâng cao hiệu quả quản lý Tài chính- Ngân sách góp phần vào công cuộc xây dựng đất nước trong giai đoạn hội nhập và phát triển.
Sau 24 năm thành lập và phát triển, KBNN đã vượt qua nhiều khó khăn, từng bước ổn định và phát triển, cùng với toàn Ngành Tài chính đạt được nhiều kết quả trong xây dựng chính sách, quản lý phân phối nguồn lực của đất nước, góp phần tạo động lực mạnh mẽ thúc đẩy nền kinh tế phát triển. Có thể khẳng định rằng, hệ thống KBNN đã đóng góp tích cực vào sự nghiệp đổi mới và lành mạnh hoá nền tài chính Quốc gia thông qua việc tập trung nhanh,
đầy đủ nguồn thu cho NSNN, đáp ứng kịp thời nhu cầu chi tiêu của Chính phủ; huy động một lượng vốn lớn cho đầu tư phát triển kinh tế-xã hội; kế toán và cung cấp thông tin kịp thời về tình hình thu, chi ngân sách phục vụ sự chỉ đạo, điều hành của các cơ quan Trung ương và chính quyền địa phương, nâng cao chất lượng quản lý, hiệu quả sử dụng NSNN.