Xã Yên Ninh nằm ở vị trí có tuyến đường Quốc lộ 3 chạy qua với điểm đầu là xã Yên Đổ, điểm cuối là huyện Chợ mới tỉnh Bắc Kạn đã tạo nhiều thuận lợi để phát triển nền kinh tế - xã hội của xã với những mũi nhọn đặc thù đồng thời giúp xã tiếp thu nhanh tiến bộ khoa học, kỹ thuật và công nghệ.
Địa hình đồi núi phức tạp, tạo cho xã những thung lũng tương đối bằng phẳng, tạo ra cho xã Yên Ninh những vùng đất chuyên canh để sản xuất Nông - Lâm - Ngư nghiệp với những sản phẩm hàng hóa đặc thù có khả năng cho sản lượng lớn. Khí hậu xã Yên Ninh núi chung là thuận lợi cho cây trồng và gia súc.
- Tài nguyên đất: Tổng diện tích đất đai toàn xã theo địa giới hành chính là 4.718,61ha. Trong đó: Đất nông nghiệp 4.263,8 ha, đất phi nông nghiệp 358,7 ha, đất chưa sử dụng 96,1 ha.
- Tài nguyên nước: Nguồn nước mặt xã có sông Chu chảy qua địa bàn. Và các hệ thống suối kết hợp với nguồn nước mưa cùng các nguồn ở các hồ chứa nước của xã đã phần nào đáp ứng đủ nhu cầu nước phụ vụ cho sản xuất nông nghiệp của xã.
- Nguồn nước ngầm: Có độ sâu từ 5 m - 15 m với chất lượng nước được coi là đảm bảo vệ sinh đáp ứng cho khoảng 95% số hộ.
- Tài nguyên rừng: Xã có 3.250,96 ha đất lâm nghiệp có rừng, với thảm thực vật gồm các cây thân gỗ như: Dung, Dẻ, Bồ Đề, Trám, Mỡ, Keo, ... các cây dây leo và lùm bụi như sim, mua, lau lách ...
- Tài nguyên khoáng sản và nhân văn: Xã hầu như không có tài nguyên khoáng sản. Xã có 6 dân tộc anh em sống trên địa bàn là: Tày (70%), Kinh (20%) còn lại là các dân tộc Nùng, Thái, Dao, Sán Chỉ, Mường. Phong tục tập quán chủ yếu theo dân tộc Tày.
- Cảnh quan môi trường: Xã Yên Ninh có cảnh quan mang đặc điểm của vùng nông thôn châu thổ sông Hồng, những con đường và những con sông lớn nằm trên địa bàn các xã phân bố khá hài hoà bao quanh những cánh đồng lúa, khu dân cư, tạo ra một cảnh quan phù hợp với cuộc sống của nhân dân trước mắt cũng như lâu dài. Do đất chật người đông, mật độ dân số ngày càng tăng làm các chất thải của nhân dân từ sản phẩm nông nghiệp và sinh hoạt ngày càng nhiều, do đó ảnh hưởng đến môi trường sinh thái ở khu vực dân sinh, nhất là nước ở các ao, hồ xung quanh khu vực dân cư, đồng thời với việc sử dụng nhiều hoá chất độc hại trong sản xuất nông nghiệp như phân bón, thuốc trừ sâu, trừ cỏ, thuốc kích thích sinh trưởng làm ảnh hưởng xấu đến cân bằng sinh thái môi trường. Vì thế đòi hỏi các nhà quản lý phải tính toán các phương án bảo vệ môi trường sinh thái nhằm tạo ra sự phát triển bền vững lâu dài.