Về bộ máy quản lý ở nước ta bộ y tế đã thiết lập một màng lưới từ Trung ương đến cấp huyện, cấp xã, nhằm kiểm tra, giám sát chất lượng nước ăn uống.
Tại Trung ương công việc này do cục y tế dự phòng (YTDP) Việt Nam đảm nhiệm các viện chuyên ngành thuộc hệ YTDP, viện Pastuer Nha Trang, viện y tế cộng đồng thành phố Hồ Chí Minh hỗ trợ về mặt chuyên môn. Ngoài nhiệm vụ phối hợp triển khai và tiến hành các công trình nghiên cứu đánh giá các tác động của môi trường (trong đó có môi trường nước) ảnh hưởng tới sức khỏe cộng đồng với hệ thống balo được trang bị khá hiện đại các viện này có khả năng thực hiện và phát triển hỗ trợ kỹ thuật xét nghiệm cao về nước cho các trung tâm YTDP và các cơ quan khác khi có yêu cầu.
Tại cấp tỉnh trung tâm YTDP có phòng xét nghiệm thực hiện giám sát chất lượng nguồn nước cấp tập trung trên địa bàn tỉnh. Định lấy mẫu và tiến hành xét nghiệm hoặc tham gia thẩm định, xét duyệt các dự án cung cấp nước sạch của địa phương. Tại cấp huyện đội YTDP của trung tâm y tế huyện thực hiện công tác giám sát và kiểm tra chất lượng nước ăn uống và sinh hoạt trên đia bàn huyện và triển khai đến các xã trong huyện.
Trong những năm gần đây, việc quản lý tài nguyên nước ở Việt Nam được cải thiện đáng kể về mặt pháp lý, cấu trúc thể chế và các cơ chế, góp phần vào sự phát triển kinh tế - xã hội của đất nước. Luật Tài nguyên nước đã
được chính thức ban hành từ năm 1998 và các văn bản hướng dẫn pháp quy tiếp theo, đã cung cấp các quy định về quản lý, điều hành, lưu trữ, khai thác và sử dụng tài nguyên nước trên toàn quốc. Sự thay đổi về thể chế trong quản lý tài nguyên nước đã khuyến khích được quá trình phi tập trung hóa, đẩy mạnh sự tham gia rộng rãi của các thành phần ngoài nhà nước trong việc khai thác, sử dụng và bảo vệ nguồn nước, cung cấp nước sinh hoạt và nước tưới tiêu. Đặc biệt, Luật Tài nguyên nước (sửa đổi) đã được Quốc hội khóa XIII, kỳ họp thứ 3 thông qua ngày 21/6/2012.
Gần đây, cách tiếp cận quản lý tài nguyên nước tổng hợp và dựa trên lưu vực đã được đẩy mạnh ở Việt Nam. Về nguyên tắc, tài nguyên nước không chỉ được xem như “tài sản chung” mà còn là “hàng hóa có giá trị thương mại và kinh tế”.
Do đó, Chính phủđã áp dụng một số cơ chế nhằm tăng cường hiệu quả, hiệu lực quản lý nước ở các khía cạnh khác nhau về chính sách, kỹ thuật thực hiện, năng lực và cơ sở hạ tầng.
Kinh nghiệm quản lý tài nguyên nước ở Việt Nam đã ghi nhận và đánh giá cao vai trò quan trọng của cộng đồng địa phương, với tư cách vừa là người trực tiếp sử dụng nước, vừa là người quản lý và bảo vệ tài nguyên nước. Quản lý bởi cộng đồng hay quản lý dựa vào cộng đồng, đã được giới thiệu và áp dụng ở nhiều vùng theo các cách khác nhau trong lĩnh vực cấp nước sinh hoạt và thủy lợi. Cho nên, cộng đồng địa phương đã chứng minh được tài nguyên nước sẽ được quản lý tốt hơn, nếu có sự tham gia của cộng đồng trong quá trình ra quyết định. Tuy vậy, cho đến nay có rất ít nghiên cứu hoặc đánh giá toàn diện về quản lý tài nguyên nước ở Việt Nam. Chính điều này đã hạn chế nỗ lực phát triển và quảng bá hiểu biết về quản lý nước dựa vào cộng đồng, cũng như thúc đẩy việc áp dụng có hiệu quả trong thực tiễn (Lưu Đức Hải, 2006) [6].