Công tác tổ chức quản lý các quá trình và HĐKD ở các TTTM, siêu thị trên địa bàn Tỉnh còn nhiều bất cập, sự phối hợp giữa các ngành, địa phương và cơ sở còn hạn
chế. Công tác kiểm tra, giám sát của các cán bộ quản lý địa phương đối với quá trình cung ứng, giao nhận hàng hóa còn chưa được quan tâm đúng mức.
Các cơ chế, chính sách quản lý HĐKD ở các TTTM, siêu thị đặc biệt là cơ chế tài chính còn chưa được quy định thống nhất, cụ thể. Dẫn đến chất lượng các sản phẩm, hàng hóa ở các TTTM, siêu thị trên địa bàn Tỉnh còn chưa đảm bảo được chất lượng, tình trạng gian lận thương vẫn còn sảy ra phổ biến.
Do điều kiện kinh tế xã hội của Tỉnh chưa phát triển, đời sống của nhân dân chưa thực sự cao, đặc biệt là các vùng sâu, vùng xa thì nền kinh tế còn nghèo nàn, lạc hậu. Nhận thức của người dân về loại hình thương mại hiện đại, về quá trình hội nhập, toàn cầu hóa còn nhiều hạn chế. Bởi vậy, các TTTM, siêu thị trên địa bàn Tỉnh là rất ít chỉ tập trung ở thành phố và trị trấn lớn trong Tỉnh. Dẫn đến HĐKD ở các TTTM, siêu thị còn chưa thực sự phát triển, việc tìm kiếm nguồn hàng và cung cấp những sản phẩm như thế nào thì các nhà kinh doanh vẫn chưa tính toán được hết.
Nguồn nhân lực có trình độ và kỹ năng quản lý giỏi trong đội ngũ cán bộ quản lý thị trường vừa thiếu, vừa yếu, chưa đáp ứng được yêu cầu trong tình hình mới. Mặt khác, trình độ nguồn nhân lực trong quản lý HĐKD của doanh nghiệp mình tại các TTTM, siêu thị còn hạn chế.