Sự phát triển về hệ thống thanh toán trong các ngân hàng Nhật Bản có thể tạm chia làm bốn giai đoạn :
Giai đoạn 1: Trong thời kỳ này các ngân hàng Nhật Bản xây dựng một hệ thống thông tin trực tuyến nội bộ (mạng LAN) từ trụ sở chính tới các chi nhánh. Hệ thống thông tin này cho phép ngân hàng quản lý tập trung sổ cái. Việc chuyển tiền giữa các chi nhánh và trụ sở chính đợc tự động hoá. Trụ sở chinh kiểm soát các dịch vụ tiền gửi, và cho vay tại chi nhánh. Cũng trong giai đoạn này, ngân hàng đầu tiên của Nhật tham gia vào hệ thống Interbank.
Giai đoạn 2: Dựa trên cơ sở kết nối trực tuyến, các ngân hàng Nhật Bản đã liên kết đợc các tài khoản khách hàng, vì vậy các sản phẩm và dịch vụ đợc đa dạng hoá. Ngân hàng có thể quản lý khách hàng tốt hơn, các giải pháp đồng bộ kết hợp các sản phẩm dịch vụ đợc giới thiệu với khách hàng. Các “điểm bán hàng”, máy rút tiền tự động ra đời trong giai đoạn này. Các hoạt động thanh toán liên ngân hàng đợc thực hiện nhanh chóng và hiệu quả.
Giai đoạn 3: Thay thế hệ thống máy tính cũ, xây dựng lại hệ thống thông tin, hệ thống an ninh và nâng cao chất lợng dịch vụ trong hoạt động thơng mại quốc tế.
Giai đoạn hiện nay: Các ngân hàng Nhật bản chú trọng vào hoạt động marketing và thơng mại điện tử. Trong giai đoạn này, thế hệ máy tính thứ năm
đợc sử dụng với “CHIP” mới và thiết bị đầu cuối đa phơng tiện với mạng tích hợp. Đầu tháng 5 năm 2000, ngân hàng ảo đầu tiên, liên doanh giữa ngân hàng Sakura và công ty Fujitsu đã ra đời. Cũng trong năm 2000, một số các tập đoàn lớn nh Sony sẽ thành lập các ngân hàng ảo riêng của tập đoàn dựa trên những tiến bộ về công nghệ thông tin và sự phổ cập của Internet tới đại chúng.
Mục tiêu chính của các ngân hàng là tìm kiếm lợi nhuận từ các dịch vụ tổng thể cho khách hàng (one-stop-shopping).