Trong khi quan hệ kinh tế - thương mại giữa Việt Nam và các nước châu Âu cơ bản đang phát triển tốt nhờ những yếu tố thuận lợi như đã nêu trên thì doanh nghiệp Việt Nam trong việc thông thương với thị trường EU còn gặp nhiều trở ngại, khó khăn:
Thứ nhất, đó là sự trở ngại của hàng rào thuế quan: một số sản phẩm của Việt Nam như giày mũ da, xe đạp, chốt cài inox vẫn thuế cao trên thị trường châu Âu. Tháng 6 năm 2008, Hội đồng châu Âu đã thông qua việc không cho các sản phẩm thuộc mục XII (chủ yếu là giày dép) của Việt Nam được hưởng ưu đãi GSP giai đoạn 2009 – 2011; tháng 10 năm 2008, Uỷ ban châu Âu quyết định tiến hành rà soát cuối kỳ việc chống bán phá giá đối với mặt hàng giày mũ da của Việt Nam và Trung Quốc. Quyết định về thuế chống bán phá giá này lẽ ra đã hết hiệu lực vào ngày 1 tháng 3 năm 2009 nhưng đã được mặc nhiên gia hạn trong thời gian rà soát và có khả năng tiếp tục kéo dài nhằm bảo hộ ngành giày dép của một số nước thành viên EU trong khi gây tổn hại cho ngành giày dép Việt Nam.
Bên cạnh đó, hàng rào thuế quan của EU đối với một số mặt hàng nông sản của VN rất cao như gạo (100%) hay đường (lên đến 200%) mặc dù các mặt hàng này được hưởng GSP. Trong khi một số lượng lớn hàng của nhiều nước khác được giảm nhiều hơn hoặc miễn thuế do được hưởng các ưu đãi thương mại riêng. Do đó mà hàng hóa VN xuất khẩu sang EU khó cạnh tranh được với hàng hóa của các nước vùng châu Phi, Thái Bình Dương và Caribe cũng như một số nước Đông Âu (do các nước này được hưởng ưu đãi thương mại theo công ước Lomé hay các hiệp ước liên kết)
Thứ hai phải kể đến, đó là những quy định khắt khe về hàng rào kỹ thuật. Đây vẫn là một công cụ phòng vệ thương mại được nhiều nước châu Âu sử dụng khá phổ biến để hạn chế hàng nhập khẩu với mục đích tuyên bố là bảo vệ người tiêu dùng nhưng cũng nhằm bảo hộ các ngành sản xuất trong nước đang bị mất dần lợi thế so sánh so với hàng nhập khẩu. Hàng rào kỹ thuật được Uỷ ban châu Âu áp
dụng đối với thủy sản (tiêu chuẩn vệ sinh, an toàn thực phẩm), hàng dệt may (thay đổi cách phân loại), hóa chất và các sản phẩm dùng hóa chất (qui định về đăng ký và cấp phép), v.v.... Liên bang Nga cũng thỉnh thoảng áp dụng các biện pháp tương tự nhưng ở mức độ thấp hơn. Các nước SNG khác chưa áp dụng nhiều các biện pháp này. Cũng chính vì hàng rào này mà hiện nay EU đang tiến hành hạn chế nhập khẩu cá da trơn (cá tra, basa) của Việt Nam do phát hiện dư lượng kháng sinh bị cấm.
Bên cạnh đó, các hàng rào thương mại phi thuế quan khác vẫn còn được sử dụng như hạn ngạch nhập khẩu (đặc biệt với hàng dệt may VN). Và hàng loạt những rào cản khác. Ví dụ như từ tháng 12 năm 2007, Tây Ban Nha và Bồ Đào Nha không cho nhập khẩu cá kiếm của Việt Nam với lý do Việt Nam chưa phải là thành viên của Ủy ban Nghề cá Tây và Trung Thái Bình Dương (WCPFC); trong năm 2008, hàng thực phẩm của Việt Nam đã 51 lần bị đưa vào Hệ thống Cảnh báo nhanh đối với hàng thực phẩm và thức ăn gia súc của EU (RASFF) tăng hơn so với năm 2007 (42 trường hợp). Trong đó, có 31 trường hợp đối với hàng thủy sản (năm 2007 là 22) và 20 trường hợp đối với nông sản, thực phẩm (tương đương với năm 2007). Trong bối cảnh suy giảm sản xuất, tiêu dùng nói riêng và sự suy thoái của nền kinh tế EU nói chung, một số mặt hàng xuất khẩu của Việt Nam sang EU như thủy sản, đồ gỗ, rau quả, thực phẩm có thể sẽ gặp khó khăn khi EC ban hành các biện pháp bảo vệ người tiêu dùng và bảo vệ môi trường.
Về mặt chính sách, qui trình hoạch định và ban hành các quyết định liên quan đến thương mại của EC khá phức tạp. Trên phương diện pháp lý, các nước thành viên EU đã trao quyền hoạch định chính sách thương mại cho Uỷ ban châu Âu nhưng tất cả các nước này đều cử đại diện và chuyên gia tới Bruxeles làm việc tại các cơ quan quyền lực của EU. Với qui mô EU ngày càng mở rộng, việc thiết kế và quyết định chính sách thương mại chung cho cả khối sẽ trở nên ngày càng khó khăn và chậm chạp. Việc vận động hành lang đối với các chính sách này cũng trở nên vô cùng nan giải và tốn kém, nhất là đối với các nước đang phát triển như Việt Nam.
Về phía các nước SNG, chính sách thương mại còn có yếu tố bất ngờ và không phải lúc nào cũng theo qui chuẩn quốc tế vì phần lớn các quốc gia SNG chưa
phải là thành viên của Tổ chức thương mại thế giới (WTO). Ví dụ: Nga đã từng hạn chế số lượng cảng biển được phép nhập khẩu gạo của Việt Nam trong năm 2008; bổ sung thủ tục và tăng cường giám định thủy sản nhập khẩu từ Việt Nam trong năm 2009. Suy thoái kinh tế tại châu Âu làm giảm nhu cầu nhập khẩu và có thể lặp lại theo chu kỳ. Tại một số nước hoặc khu vực vẫn tiềm ẩn những nhân tố gây mất ổn định về an ninh nội bộ và trong quan hệ với các nước láng giềng. Một số án mạng do các hành động thù địch người nước ngoài tại Nga hay cuộc chiến ngắn ngày giữa Nga và Grudia hồi tháng 8 năm 2008 liên quan đến 2 tỉnh ly khai Nam Osstia và Apkhadia có thể ảnh hưởng xấu đến môi trường kinh doanh nếu Chính phủ các nước không kiểm soát được các yêu tố này.
Khác biệt về tập quán kinh doanh cũng là một khó khăn cho doanh nghiệp Việt Nam. Trong khi châu Âu có văn hoá kinh doanh phương Tây (dựa vào luật pháp và uy tín thương hiệu) thì Việt Nam vẫn mang đậm đặc trưng văn hoá phương Đông (chịu ảnh hưởng lớn của quan hệ và uy tín cá nhân);
Trở ngại ngôn ngữ là yếu tố không tốt cho các doanh nghiệp Việt Nam khi tham gia vào kinh doanh quốc tế hay thương mại quốc tế. Trong khi tiếng Anh đã trở thành ngôn ngữ kinh doanh quốc tế thì nhiều doanh nghiệp (kể cả ở Việt Nam và một số nước Đông, Nam Âu) vẫn chưa làm chủ được ngôn ngữ này.