a) Giải ngân chậm.
Bên cạnh những kết quả tích cực, việc thu hút, quản lý và sử dụng nguồn vốn ODA vẫn còn tồn tại một số hạn chế và bất cập, nhất là vấn đề giải ngân. Mặc dù các chỉ tiêu về cam kết, ký kết đều đạt và vượt kế hoạch đề ra nhưng tiến độ thực hiện và giải ngân nguồn vốn ODA vẫn chưa đạt yêu cầu và đối với một số nhà tài trợ, còn thấp hơn với mức bình quân của khu vực và thế giới. Nhiều chương trình, dự án đầu tư bằng vốn vay ODA phải gia hạn, dẫn đến hiệu quả đầu tư giảm do các công trình này chậm đưa vào khai thác sử dụng. Sự chậm trễ trong triển khai và giải ngân thấp thời gian qua không những chưa đem lại hiệu quả cao mà còn gây khó khăn trong việc thuyết phục các nhà tài trợ đưa ra các khoản cam kết mới hoặc tăng vốn ODA cho Việt Nam.
+ Giải ngân chậm ở Việt Nam là do thiếu vốn đối ứng. Bình quân tỷ lệ vốn đối ứng là 80: 20. Do vậy, đối với những dự án có kết cấu hạ tầng lớn như những đường cao tốc, quốc lộ lên đến 2 -3 tỷ USD. Nếu vậy, số vốn đối ứng của Việt Nam cũng sẽ rất lớn, khoảng 20% của từ 2 – 3 tỷ USD, tức là từ 400 - 600 triệu USD. Hơn nữa, Việt Nam có nhiều dự án như vậy, đã dẫn đến nguồn lực đối ứng thấp. Vì thế, sử dụng vốn ODA hiện nay còn chậm.
+ Hiện vẫn còn xung đột về mặt pháp lý, đặc biệt là trong lĩnh vực đầu tư và xây dựng. Ngoài ra sự khác biệt về quy trình, thủ tục giữa Việt Nam và các nhà tài trợ, chính sách về an sinh xã hội ( đền bù, giải phóng mặt bằng và tái định cư…) cũng gây khó khăn cho các bộ, ngành và địa phương trong quá trình thực hiện, từ đó làm chậm tiến độ giải ngân.
Hệ thống các văn bản quy phạm pháp luật của Việt Nam chưa thực sự đồng bộ, thiếu nhất quán, chưa tiệm cận với thông lệ quốc tế. Điều này đã dẫn tới những ách tắc làm chậm tiến độ chuẩn bị và thực hiện các chương trình dự án ODA. Thực tiễn cho thấy những thay đổi thường xuyên về chế độ, chính sách trong các lĩnh vực đầu tư, xây dựng cơ bản đã dẫn đến nhiều dự án phải điều chỉnh trong khi các quy định về điều chỉnh dự án còn nhiều phức tạp.
Công tác giải phóng mặt bằng được xem là khó khăn lớn nhất. Các nguyên nhân chủ yếu dẫn đến sự chậm trễ trong công tác này là sự khác biệt về chính sách đền bù giữa các địa phương liền kề ở cùng một dự án; quy hoạch ở các địa phương không ổn định đã dẫn đến việc điều chỉnh dự án; thiếu vốn đối ứng cho công tác đền bù, giải phóng mặt bằng và tái định cư.
+ Năng lực, cách điều hành của các Ban quản lý dự án ở Trung ương và địa phương, nhất là ở địa phương thường không cố định, hay thay đổi.
+ Bên cạnh đó cũng phải kể đến một số dự án thiết kế quá phức tạp với sự tham gia của nhiều Bộ, ngành, địa phương trong khi năng lực điều phối, quản lý và thực hiện của cơ quan chủ quản còn hạn chế. Hay việc thay đổi quy hoạch ở các địa phương, đặc biệt về quy hoạch và sử dụng đất và quy hoạch đô thị đã dẫn đến việc thay đổi thiết kế và điều chỉnh dự án. Thêm vào đó là chất lượng khảo sát, thiết kế chưa cao dẫn đến nhiều phát sinh trong quá trình thực hiện. Thực tế sử dụng ODA thời gian qua cho thấy, nguyên nhân chủ yếu dẫn đến giải ngân chậm là do thiếu vốn đối ứng, việc giải phóng mặt bằng ở các dự án lớn còn chậm, thêm vào đó là năng lực và tính chuyên nghiệp của các ban quản lý dự án còn thấp.